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- PDB-1jpp: The Structure of a beta-Catenin Binding Repeat from Adenomatous P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jpp
タイトルThe Structure of a beta-Catenin Binding Repeat from Adenomatous Polyposis Coli (APC) in Complex with beta-Catenin
要素
  • ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI PROTEIN
  • BETA-CATENIN
キーワードCELL ADHESION / Disease mutation / Anti-oncogene
機能・相同性
機能・相同性情報


lung cell differentiation / epicardium-derived cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / mesenchyme morphogenesis / RUNX3 regulates WNT signaling / Regulation of CDH11 function / cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Beta-catenin phosphorylation cascade / APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins ...lung cell differentiation / epicardium-derived cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / mesenchyme morphogenesis / RUNX3 regulates WNT signaling / Regulation of CDH11 function / cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Beta-catenin phosphorylation cascade / APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / hair cycle process / TCF dependent signaling in response to WNT / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / endoderm formation / mesenchyme development / trachea morphogenesis / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / glial cell fate determination / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / VEGFR2 mediated vascular permeability / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / central nervous system vasculogenesis / regulation of epithelial cell differentiation / regulation of centriole-centriole cohesion / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / Adherens junctions interactions / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / embryonic axis specification / animal organ development / Ca2+ pathway / RHO GTPases activate IQGAPs / morphogenesis of embryonic epithelium / lens morphogenesis in camera-type eye / Scrib-APC-beta-catenin complex / beta-catenin-TCF complex / gamma-catenin binding / acinar cell differentiation / synaptic vesicle clustering / dorsal root ganglion development / endodermal cell fate commitment / neuron fate determination / proximal/distal pattern formation / endothelial tube morphogenesis / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of microtubule-based movement / ventricular compact myocardium morphogenesis / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / sympathetic ganglion development / dorsal/ventral axis specification / layer formation in cerebral cortex / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of endothelial cell differentiation / fungiform papilla formation / mesenchymal to epithelial transition / hindbrain development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of determination of dorsal identity / fascia adherens / regulation of protein localization to cell surface / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / cellular response to indole-3-methanol / positive regulation of odontoblast differentiation / smooth muscle cell differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of myoblast proliferation / alpha-catenin binding / histone methyltransferase binding / mesenchymal cell proliferation / regulation of calcium ion import / regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell projection membrane
類似検索 - 分子機能
Adenomatous polyposis coli protein repeat / SAMP / EB-1 binding / Adenomatous polyposis coli protein basic domain / Adenomatous polyposis coli protein, 15 residue repeat / Adenomatous polyposis coli (APC) family / Adenomatous polyposis coli protein / Adenomatous polyposis coli, N-terminal dimerisation domain / APC, N-terminal coiled-coil domain superfamily / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat ...Adenomatous polyposis coli protein repeat / SAMP / EB-1 binding / Adenomatous polyposis coli protein basic domain / Adenomatous polyposis coli protein, 15 residue repeat / Adenomatous polyposis coli (APC) family / Adenomatous polyposis coli protein / Adenomatous polyposis coli, N-terminal dimerisation domain / APC, N-terminal coiled-coil domain superfamily / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat / APC repeat / SAMP Motif / EB-1 Binding Domain / APC basic domain / APC 15 residue motif / Adenomatous polyposis coli tumour suppressor protein / Armadillo-associated region on APC / Unstructured region on APC between 1st and 2nd catenin-bdg motifs / Unstructured region on APC between 1st two creatine-rich regions / Unstructured region on APC between APC_crr and SAMP / Unstructured region on APC between SAMP and APC_crr / Unstructured region on APC between APC_crr regions 5 and 6 / Coiled-coil N-terminus of APC, dimerisation domain / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat / Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenomatous polyposis coli protein / Catenin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Spink, K.E. / Fridman, S.G. / Weis, W.I.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Molecular mechanisms of beta-catenin recognition by adenomatous polyposis coli revealed by the structure of an APC-beta-catenin complex.
著者: Eklof Spink, K. / Fridman, S.G. / Weis, W.I.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: The structure of the beta-catenin/E-cadherin complex and the molecular basis of diverse ligand recognition by beta-catenin
著者: Huber, A.H. / Weis, W.I.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A BETA-CATENIN/TCF COMPLEX
著者: Graham, T.A. / Weaver, C. / Mao, F. / Kimelman, D. / Xu, W.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE ARMADILLO REPEAT REGION OF BETA-CATENIN
著者: Huber, A.H. / Nelson, W.J. / Weis, W.I.
履歴
登録2001年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-CATENIN
B: BETA-CATENIN
C: ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI PROTEIN
D: ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,3545
ポリマ－121,2624
非ポリマー921
水1,29772
1
A: BETA-CATENIN
C: ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6312
ポリマ－60,6312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BETA-CATENIN
D: ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7233
ポリマ－60,6312
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.090, 69.255, 95.099
Angle α, β, γ (deg.)68.70, 87.04, 85.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 BETA-CATENIN


分子量: 58844.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q02248
#2: タンパク質・ペプチド ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI PROTEIN / APC PROTEIN


分子量: 1786.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: P25054
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 8000, sodium potassium phosphate, sodium chloride, DTT, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 %PEG80001reservoir
2100 mMsodium potassium phosphate1reservoirpH6.2
3200 mM1reservoirNaCl
45 mMdithiothreitol1reservoir
50.075 mMbeta-catenin1drop
60.092 mMAPC-rA1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月8日
放射モノクロメーター: curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→28.3 Å / Num. all: 21958 / Num. obs: 19916 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.47 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 1.39 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Num. unique all: 1937 / % possible all: 87.8
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1G3J

1g3j


解像度: 3.1→28.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1211274.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 971 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 18919 86.1 %-
all-21958 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.503 Å2 / ksol: 0.320417 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.81 Å21.12 Å20.44 Å2
2--8.52 Å23.59 Å2
3---0.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.83 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7772 0 6 72 7850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.962.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 107 6.2 %
Rwork0.347 1613 -
obs--77.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.962.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.394 / % reflection Rfree: 6.2 % / Rfactor Rwork: 0.347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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