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- PDB-1jpa: Crystal Structure of unphosphorylated EphB2 receptor tyrosine kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jpa
タイトルCrystal Structure of unphosphorylated EphB2 receptor tyrosine kinase and juxtamembrane region
要素neural kinase, Nuk=Eph/Elk/Eck family receptor-like tyrosine kinase
キーワードTRANSFERASE / receptor tyrosine kinase / autoinhibited / unphosphorylated / juxtamembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T-helper 17 type immune response / Ephrin signaling / EPH-Ephrin signaling / hindbrain tangential cell migration / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / vesicle-mediated intercellular transport / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / EPHB-mediated forward signaling / optic nerve morphogenesis / urogenital system development ...regulation of T-helper 17 type immune response / Ephrin signaling / EPH-Ephrin signaling / hindbrain tangential cell migration / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / vesicle-mediated intercellular transport / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / EPHB-mediated forward signaling / optic nerve morphogenesis / urogenital system development / tight junction assembly / regulation of body fluid levels / neuron projection retraction / ephrin receptor activity / postsynaptic membrane assembly / axon guidance receptor activity / central nervous system projection neuron axonogenesis / negative regulation of axonogenesis / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / dendritic spine development / positive regulation of synaptic plasticity / camera-type eye morphogenesis / regulation of filopodium assembly / corpus callosum development / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of behavioral fear response / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of autophagosome assembly / negative regulation of cell adhesion / commissural neuron axon guidance / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of protein localization to cell surface / axonal fasciculation / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of synapse assembly / inner ear morphogenesis / positive regulation of immunoglobulin production / regulation of axonogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / phosphorylation / regulation of synapse assembly / regulation of blood coagulation / B cell activation / roof of mouth development / regulation of neuronal synaptic plasticity / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of B cell proliferation / neuron projection maintenance / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / axonogenesis / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / learning / positive regulation of long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / stem cell factor receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor protein-tyrosine kinase / cell morphogenesis / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of tumor necrosis factor production / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / cellular response to lipopolysaccharide / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / dendritic spine / postsynaptic membrane / learning or memory / positive regulation of cell migration / axon / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-B receptor 2, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain ...Ephrin type-B receptor 2, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Ephrin type-B receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Wybenga-Groot, L.E. / Pawson, T. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Structural basis for autoinhibition of the Ephb2 receptor tyrosine kinase by the unphosphorylated juxtamembrane region.
著者: Wybenga-Groot, L.E. / Baskin, B. / Ong, S.H. / Tong, J. / Pawson, T. / Sicheri, F.
履歴
登録2001年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN ONLY THE ADENINE RING OF ANP (AMP-PNP), PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER, WAS ...HETEROGEN ONLY THE ADENINE RING OF ANP (AMP-PNP), PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER, WAS SEEN IN THE DENSITY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: neural kinase, Nuk=Eph/Elk/Eck family receptor-like tyrosine kinase
B: neural kinase, Nuk=Eph/Elk/Eck family receptor-like tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6614
ポリマ－70,6492
非ポリマー1,0122
水4,684260
1
A: neural kinase, Nuk=Eph/Elk/Eck family receptor-like tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8312
ポリマ－35,3241
非ポリマー5061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: neural kinase, Nuk=Eph/Elk/Eck family receptor-like tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8312
ポリマ－35,3241
非ポリマー5061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.052, 57.616, 67.742
Angle α, β, γ (deg.)112.95, 103.17, 91.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 neural kinase, Nuk=Eph/Elk/Eck family receptor-like tyrosine kinase


分子量: 35324.465 Da / 分子数: 2 / 断片: partial juxtamembrane, entire kinase domain / 変異: Y604F, Y610F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P54763
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES, magnesium chloride, PEG 4000, isopropanol, ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112.5 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
410 %(w/v)PEG40001reservoir
510 %(v/v)isopropanol1reservoir
615 %(v/v)ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-D10.9790, 0.9788, 0.9770
シンクロトロンAPS 14-BM-C21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年5月28日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年9月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97881
30.9771
411
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 43865 / % possible obs: 90.3 % / Num. measured all: 80035 / Rmerge(I) obs: 0.033
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55.9 % / Rmerge(I) obs: 0.146

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo-form from MAD data

解像度: 1.91→25.65 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 4050 10 %random
Rwork0.231 ---
obs-39931 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→25.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4361 0 20 260 4641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 42903 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 8.7 % / Rfactor all: 0.241 / Rfactor obs: 0.231 / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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