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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jog | ||||||
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タイトル | Structure of HI0074 from Heamophilus Influenzae reveals the fold of a substrate binding domain of a nucleotidyltransferase | ||||||
![]() | HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HI0074 / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F | ||||||
機能・相同性 | Probable ribonuclease HepT / Nucleotidyltransferase substrate binding protein like / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein HI_0074![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lehmann, C. / Lim, K. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The HI0073/HI0074 protein pair from Haemophilus influenzae is a member of a new nucleotidyltransferase family: Structure, sequence analyses, and solution studies 著者: Lehmann, C. / Lim, K. / Chalamasetty, V.R. / Krajewski, W. / Melamud, E. / Galkin, A. / Howard, A. / Kelman, Z. / Reddy, P.T. / Murzin, A.G. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Probably a dimer. The asymmetric unit contains two dimers. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17518.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HI0074 / プラスミド: pRE1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.59 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M Tris, 0.2 M Na acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月30日 / 詳細: mirror | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) double crystal system / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 22467 / Num. obs: 22467 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 6.8 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.314 / % possible all: 100 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 57 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree: 0.334 / Rfactor Rwork: 0.258 | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 2.1 |