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- PDB-1jog: Structure of HI0074 from Heamophilus Influenzae reveals the fold ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jog
タイトルStructure of HI0074 from Heamophilus Influenzae reveals the fold of a substrate binding domain of a nucleotidyltransferase
要素HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HI0074 / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Probable ribonuclease HepT / Nucleotidyltransferase substrate binding protein like / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ribonuclease HepT
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lehmann, C. / Lim, K. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: The HI0073/HI0074 protein pair from Haemophilus influenzae is a member of a new nucleotidyltransferase family: Structure, sequence analyses, and solution studies
著者: Lehmann, C. / Lim, K. / Chalamasetty, V.R. / Krajewski, W. / Melamud, E. / Galkin, A. / Howard, A. / Kelman, Z. / Reddy, P.T. / Murzin, A.G. / Herzberg, O.
履歴
登録2001年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074
B: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074
C: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074
D: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0754
ポリマ－70,0754
非ポリマー00
水2,522140
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074
B: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0372
ポリマ－35,0372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
2
C: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074
D: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0372
ポリマ－35,0372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.3, 87.1, 165.6
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Probably a dimer. The asymmetric unit contains two dimers.

-
要素

#1: タンパク質
HYPOTHETICAL PROTEIN HI0074


分子量: 17518.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI0074 / プラスミド: pRE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P43934
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M Tris, 0.2 M Na acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
14.7 mg/mlprotein1drop
2100 mM1dropNaCl
320 mMTris-HCl1droppH7.5
41 mMdithiothreitol1drop
51 mMEDTA1drop
630 %PEG40001reservoir
70.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0
80.2 Msodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9791, 0.9793, 1.00
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月30日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal system / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97931
311
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 22467 / Num. obs: 22467 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.314 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS精密化
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.282 1018 random
Rwork0.211 --
all-21646 -
obs-20694 -
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4423 0 0 140 4563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree: 0.334 / Rfactor Rwork: 0.258
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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