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万見
- PDB-1jof: Neurospora crassa 3-carboxy-cis,cis-mucoante lactonizing enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jof
タイトルNeurospora crassa 3-carboxy-cis,cis-mucoante lactonizing enzyme
要素CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
キーワードISOMERASE / BETA-PROPELLER / HOMOTETRAMER / SEMET-PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxy-cis,cis-muconate cyclase / carboxy-cis,cis-muconate cyclase activity / 6-phosphogluconolactonase activity / beta-ketoadipate pathway
類似検索 - 分子機能
Lactonase, 7-bladed beta propeller / Lactonase, 7-bladed beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Carboxy-cis,cis-muconate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kajander, T. / Merckel, M.C. / Thompson, A. / Deacon, A.M. / Mazur, P. / Kozarich, J.W. / Goldman, A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The structure of Neurospora crassa 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme, a beta propeller cycloisomerase.
著者: Kajander, T. / Merckel, M.C. / Thompson, A. / Deacon, A.M. / Mazur, P. / Kozarich, J.W. / Goldman, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: 3-Carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme from Neurospora crassa: MAD phasing with 80 selenomethionines
著者: Merckel, M.C. / Kajander, T. / Deacon, A.M. / Thompson, A. / Grossmann, J.G. / Kalkkinen, N. / Goldman, A.
履歴
登録2001年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
B: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
C: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
D: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
E: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
F: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
G: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
H: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,34734
ポリマ－333,7238
非ポリマー2,62326
水12,845713
1
A: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
B: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
C: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
D: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,17317
ポリマ－166,8624
非ポリマー1,31213
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
F: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
G: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
H: CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,17317
ポリマ－166,8624
非ポリマー1,31213
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.290, 160.600, 237.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細The functional biological unit of CMLE is a hometetramer. The asymmetric unit contains two tetramers.

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要素

#1: タンパク質
CARBOXY-CIS,CIS-MUCONATE CYCLASE / E.C.5.5.1.5 / 3-carboxy-cis / cis-muconate lactonizing enzyme / CMLE


分子量: 41715.414 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38677, carboxy-cis,cis-muconate cyclase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-PIN / PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) / PIPES / 1,4-PIPERAZINEDIETHANESULFONIC ACID / PIPES


分子量: 302.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O6S2 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: PIPES, Ammonium suplhate, beta-mercapto-ethanol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9137, 0.9786, 0.9795, 0.8856
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91371
20.97861
30.97951
40.88561
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 122302 / Num. obs: 122302 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique all: 0 / Rsym value: 15.6 / % possible all: 75.8
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.8 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SnB位相決定
CCP4モデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 6115 5 %random
Rwork0.212 ---
all-122302 --
obs-122302 92.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22984 0 140 713 23837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.786
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.214 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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