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- PDB-1jo2: Crystal Structure of the B-DNA Hexamer (CgATCG).Daunomycin Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jo2
タイトルCrystal Structure of the B-DNA Hexamer (CgATCG).Daunomycin Complex Containing a Ribose at the Intercalation Site
要素5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*AP*TP*CP*G)-3'
キーワードDNA / RNA / intercalation / DNA/RNA chimer
機能・相同性DAUNOMYCIN / DNA/RNA hybrid
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Shi, K. / Pan, B. / Sundaralingam, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of a B-form DNA/RNA chimera (dC)(rG)d(ATCG) complexed with daunomycin at 1.5 A resolution.
著者: Shi, K. / Pan, B. / Sundaralingam, M.
履歴
登録2001年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3532
ポリマ－1,8251
非ポリマー5281
水72140
1
A: 5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7054
ポリマ－3,6502
非ポリマー1,0552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)28.05, 28.05, 53.16
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド 5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*AP*TP*CP*G)-3'


分子量: 1825.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-DM1 / DAUNOMYCIN / DAUNORUBICIN


分子量: 527.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO10
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: magnesium chloride, cacodylate, MPD, pH 7.00, EVAPORATION, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2cacodylate11
3MPD11
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12 mMoligonucleotide1dropsingle strand concentration
240 mMsodium cacodylate1droppH7.0
324 mM1dropMgCl2
42 mMdaunomycin1drop
52 %(v/v)MPD1drop
660 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→10 Å / Observed criterion σ(F): 2 / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 2767

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
精密化解像度: 1.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 2 / Data cutoff low absF: 2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 256 10 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all-2778 --
obs-2699 74.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 121 38 40 199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d17.5
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d1.94
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it0.41.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it0.692
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it02
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it02.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.072 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 13 10.4 %
Rwork0.286 112 -
obs--21.2 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg17.5
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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