[日本語] English
万見
- PDB-1jnv: The Conformation of the Epsilon and Gamma Subunits within the E. ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jnv
タイトルThe Conformation of the Epsilon and Gamma Subunits within the E. coli F1 ATPase
要素
  • ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN
  • ATP SYNTHASE BETA CHAIN
  • ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN
  • ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN
キーワードHYDROLASE / F1 ATPase / ATP synthase / bioenergetics
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Hausrath, A.C. / Capaldi, R.A. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The conformation of the epsilon- and gamma-subunits within the Escherichia coli F(1) ATPase.
著者: Hausrath, A.C. / Capaldi, R.A. / Matthews, B.W.
履歴
登録2001年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN
B: ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN
C: ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN
D: ATP SYNTHASE BETA CHAIN
E: ATP SYNTHASE BETA CHAIN
F: ATP SYNTHASE BETA CHAIN
Y: ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN
Z: ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,9058
ポリマ－280,9058
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.683, 197.517, 237.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN


分子量: 41889.645 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: atpA / プラスミド: pAN45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GO104 / 参照: EC: 3.6.1.34
#2: タンパク質 ATP SYNTHASE BETA CHAIN


分子量: 39762.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: atpD / プラスミド: pAN45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GO104 / 参照: EC: 3.6.1.34
#3: タンパク質 ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN


分子量: 11507.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: atpC / プラスミド: pAN45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GO104 / 参照: EC: 3.6.1.34
#4: タンパク質 ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN


分子量: 24442.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: atpG / プラスミド: pAN45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GO104 / 参照: EC: 3.6.1.34
配列の詳細THIS COMPOSITE MODEL WAS CONSTRUCTED BY PLACING COORDINATES FROM PDB ENTRIES 1BMF AND 1FSO INTO A ...THIS COMPOSITE MODEL WAS CONSTRUCTED BY PLACING COORDINATES FROM PDB ENTRIES 1BMF AND 1FSO INTO A LOW-RESOLUTION MAP. ONLY BACKBONE ATOMS HAVE BEEN MODELLED. IT IS NOT POSSIBLE TO UNAMBIGUOUSLY DETERMINE THE SEQUENCE REGISTER FROM THE CRYSTALLOGRAPHIC DATA, AND SO THE SECONDARY STRUCTURE STRUCTURE ASSIGNMENTS MAY BE INACCURATE. EVERY AMINO ACID IS LABELLED UNK. THE RESIDUE NUMBERING FOR CHAINS A-F DERIVES FROM PDB ENTRY 1BMF. THE RESIDUE NUMBERING FOR CHAINS Y AND Z DERIVES FROM PDB ENTRY 1FS0. THE SEQUENCE FOR THE ALPHA CHAIN IS: MQLNSTEISE LIKQRIAQFN VVSEAHNEGT IVSVSDGVIR IHGLADCMQG EMISLPGNRY AIALNLERDS VGAVVMGPYA DLAEGMKVKC TGRILEVPVG RGLLGRVVNT LGAPIDGKGP LDHDGFSAVE AIAPGVIERQ SVDQPVQTGY KAVDSMIPIG RGQRELIIGD RQTGKTALAI DAIINQRDSG IKCIYVAIGQ KASTISNVVR KLEEHGALAN TIVVVATASE SAALQYLAPY AGCAMGEYFR DRGEDALIIY DDLSKQAVAY RQISLLLRRP PGREAFPGDV FYLHSRLLER AARVNAEYVE AFTKGEVKGK TGSLTALPII ETQAGDVSAF VPTNVISITD GQIFLETNLF NAGIRPAVNP GISVSRVGGA AQTKIMKKLS GGIRTALAQY RELAAFSQFA SDLDDATRKQ LDHGQKVTEL LKQKQYAPMS VAQQSLVLFA AERGYLADVE LSKIGSFEAA LLAYVDRDHA PLMQEINQTG GYNDEIEGKL KGILDSFKAT QSW THE SEQUENCE FOR THE BETA CHAIN IS: MATGKIVQVI GAVVDVEFPQ DAVPRVYDAL EVQNGNERLVL EVQQQLGGGI VRTIAMGSSD GLRRGLDVKD LEHPIEVPVGK ATLGRIMNVL GEPVDMKGEI GEEERWAIHR AAPSYEELSNS QELLETGIKV IDLMCPFAKG GKVGLFGGAG VGKTVNMMELI RNIAIEHSGY SVFAGVGERT REGNDFYHEM TDSNVIDKVSL VYGQMNEPPG NRLRVALTGL TMAEKFRDEG RDVLLFVDNIY RYTLAGTEVS ALLGRMPSAV GYQPTLAEEM GVLQERITSTK TGSITSVQAV YVPADDLTDP SPATTFAHLD ATVVLSRQIAS LGIYPAVDPL DSTSRQLDPL VVGQEHYDTA RGVQSILQRYQ ELKDIIAILG MDELSEEDKL VVARARKIQR FLSQPFFVAEV FTGSPGKYVS LKDTIRGFKG IMEGEYDHLP EQAFYMVGSIE EAVEKAKK THE SEQUENCE FOR THE EPSILON CHAIN IS: MAMTYHLDVV SAEQQMFSGL VEKIQVTGSE GELGIYPGHA PLLTAIKPGM IRIVKQHGHE EFIYLSGGIL EVQPGNVTVL ADTAIRGQDL DEARAMEAKR KAEEHISSSH GDVDYAQASA ELAKAIAQLR VIELTKKAM THE SEQUENCE FOR THE GAMMA CHAIN IS: MAGAKEIRSK IASVQNTQKI TKAMEMVAAS KMRKSQDRMA ASRPYAETMR KVIGHLAHGN LEYKHPYLED RDVKRVGYLV VSTDRGLCGG LNINLFKKLL AEMKTWTDKG VQCDLAMIGS KGVSFFNSVG GNVVAQVTGM GDNPSLSELI GPVKVMLQAY DEGRLDKLYI VSNKFINTMS QVPTISQLLP LPASDDDDLK HKSWDYLYEP DPKALLDTLL RRYVESQVYQ GVVENLASEQ AARMVAMKAA TDNGGSLIKE LQLVYNKARQ ASITQELTEI VSGAAAV

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: TRIS, PEG 8000, GLYCEROL, NACL, MGSO4, LISO4, NAN3, EDTA, AMP-PNP, ATP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
詳細: Hausrath, A.C., (1999) Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.J., 96, 13697.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
2110 mMTris-HCl1drop
310 %glycerol1drop
4100 mM1dropNaCl
510 mM1dropMgSO4
640 mM1dropLi2SO4
70.05 %1dropNaN3
80.1 MEDTA1drop
95 mMadenylylimidodiphosphate1drop
100.1 MATP1drop
118.0 %PEG80001drop
1235 %satammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→25 Å / Num. all: 27196 / Num. obs: 17529 / % possible obs: 64 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 4.4→4.44 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 53.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1bmf,1fs0

1bmf

1fs0


解像度: 4.4→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO 1.0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.416 --
all0.416 17529 -
obs-17529 64.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13072 0 0 0 13072
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 4.4 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.416
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONt_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONt_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONt_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る