PDB-1jlz: Solution Structure of a K+-Channel Blocker from the Scorpion Toxi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jlz

タイトル

Solution Structure of a K+-Channel Blocker from the Scorpion Toxin of Tityus cambridgei

要素

Tityustoxin alpha-KTx

キーワード

TOXIN / scorpion venom / alpha-KTx / K+-channel blocker

機能・相同性

venom-mediated inhibition of voltage-gated potassium channel activity / potassium channel inhibitor activity / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 13.1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Wang, I. / Wu, S.-H. / Chang, H.-K. / Shieh, R.-C. / Yu, H.-M. / Chen, C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of a K(+)-channel blocker from the scorpion Tityus cambridgei.
著者: Wang, I. / Wu, S.H. / Chang, H.K. / Shieh, R.C. / Yu, H.M. / Chen, C.

履歴

登録	2001年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jlz.cif.gz	94.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jlz.ent.gz	66.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jlz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jlz_validation.pdf.gz	335.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jlz_full_validation.pdf.gz	406.5 KB	表示
XML形式データ	1jlz_validation.xml.gz	6.4 KB	表示
CIF形式データ	1jlz_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/1jlz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/1jlz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5z32-d 2kuk-d 1n1u-d 1r9i-d 1mrt-d 6dhr-d 2kvx-d 2mau-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tityustoxin alpha-KTx

2.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #6	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Tityustoxin alpha-KTx 分子量: 2461.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in scorpion toxin. / 参照: UniProt: P83243
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	2D TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2mM Tc1; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 275 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.5		解析
AURELIA	2.1		データ解析
X-PLOR	98	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 200 restraints, 163 are NOE-derived distance constraints, 21 dihedral angle restraints,16 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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