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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jll | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the E197betaA Mutant of E. coli SCS | ||||||
![]() | (succinyl-CoA synthetase ...) x 2 | ||||||
![]() | LIGASE / CITRIC ACID CYCLE / HETEROTETRAMER / ATP-GRASP FOLD / ROSSMANN FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding ...succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fraser, M.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two glutamate residues, Glu 208 alpha and Glu 197 beta, are crucial for phosphorylation and dephosphorylation of the active-site histidine residue in succinyl-CoA synthetase. 著者: Fraser, M.E. / Joyce, M.A. / Ryan, D.G. / Wolodko, W.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 262.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 210.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Succinyl-CoA synthetase ... , 2種, 4分子 ADBE
#1: タンパク質 | 分子量: 29679.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P07459, UniProt: P0AGE9*PLUS, succinate-CoA ligase (ADP-forming) #2: タンパク質 | 分子量: 41380.461 Da / 分子数: 2 / Mutation: E197A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 203分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-COA / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: Bicine, ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月20日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing) |
放射 | モノクロメーター: Si(311) bent monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 48720 / Num. obs: 48720 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 61.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 152728 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 61.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1JKJ, partially refined 解像度: 2.69→34.38 Å 交差検証法: THROUGHOUT. STARTED WITH 10% OF THE DATA, REDUCED THIS TO JUST OVER 1000 REFLECTIONS NEAR THE END OF THE REFINEMENT. σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 43.6307 Å2 / ksol: 0.380601 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→34.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree: 0.339 / Rfactor Rwork: 0.34 / Total num. of bins used: 4
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 47023 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.339 / Rfactor Rwork: 0.34 |