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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jkr | ||||||
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タイトル | Testing the Water-Mediated HIN Recombinase DNA Recognition by Systematic Mutations | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / WATER-MEDIATED RECOGNITION / PROTEIN-DNA COMPLEX / HIN RECOMBINASE / T11C MUTANT / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chiu, T.K. / Sohn, C. / Johnson, R.C. / Dickerson, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Testing water-mediated DNA recognition by the Hin recombinase. 著者: Chiu, T.K. / Sohn, C. / Dickerson, R.E. / Johnson, R.C. #1: ![]() タイトル: How Hin Recombinase, FIS and Cations Bind DNA. Chapter 4. Water-Mediated Sequence-Specific Recognition by Hin Recombinase 著者: Chiu, T.K. #2: ![]() タイトル: Hin Recombinase Bound to DNA: The Origin of Specificity in Major and Minor Groove Interactions 著者: Feng, J.A. / Johnson, R.C. / Dickerson, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4309.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4247.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 6047.051 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 139 TO 190 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE / 参照: UniProt: P03013 |
#4: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 4C, WITH INITIAL CONCENTRATION IN DROP OF 0.10 MM DNA, 0.06 MM HIN, 10 MM TRIS (PH 8.5), 10 MM CACL2, 23 MM NACL, 2.5% V/V PEG400, AND 1.56 MM NA CACODYLATE. ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 4C, WITH INITIAL CONCENTRATION IN DROP OF 0.10 MM DNA, 0.06 MM HIN, 10 MM TRIS (PH 8.5), 10 MM CACL2, 23 MM NACL, 2.5% V/V PEG400, AND 1.56 MM NA CACODYLATE. RESERVOIR SOLUTION CONTAINS 100 MM TRIS (PH 8.5), 100 MM CACL2, 100 MM NACL, AND 25% PEG400. CONCENTRATION OF PEG400 IN RESERVOIR SOLUTION WAS INCREASED IN 5% INCREMENTS TO 35%., pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1997年8月1日 |
放射 | プロトコル: MOLECULAR REPLACEMENT WITH 1IJW HAVING THE PROPER DNA SUBSTITUTIONS AS THE STARTING MODEL. 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→24.8 Å / Num. obs: 7102 / % possible obs: 93.23 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 69 Å2 / Rsym value: 0.89 / Net I/σ(I): 15.68 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.38 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 72.14 |
反射 | *PLUS 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.1 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1IJW 解像度: 2.28→24.8 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC_FIXED_ISOTROPIC / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
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溶媒の処理 | Bsol: 100 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→24.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.28→2.38 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 9.28 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.454 |