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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jkj | ||||||
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タイトル | E. coli SCS | ||||||
要素 | (succinyl-CoA synthetase ...) x 2 | ||||||
キーワード | LIGASE / CITRIC ACID CYCLE / HETEROTETRAMER / ATP-grasp fold / Rossmann Fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding ...succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Fraser, M.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Two glutamate residues, Glu 208 alpha and Glu 197 beta, are crucial for phosphorylation and dephosphorylation of the active-site histidine residue in succinyl-CoA synthetase. 著者: Fraser, M.E. / Joyce, M.A. / Ryan, D.G. / Wolodko, W.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jkj.cif.gz | 273.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jkj.ent.gz | 218.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jkj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jkj_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jkj_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1jkj_validation.xml.gz | 58.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jkj_validation.cif.gz | 81.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/1jkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/1jkj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-Succinyl-CoA synthetase ... , 2種, 4分子 ADBE
#1: タンパク質 | 分子量: 29679.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07459, UniProt: P0AGE9*PLUS, succinate-CoA ligase (ADP-forming) #2: タンパク質 | 分子量: 41438.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A836, succinate-CoA ligase (ADP-forming) |
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-非ポリマー , 5種, 604分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-COA / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 詳細: potassium phosphate, ammonium sulfate, pH 7.4, MICRODIALYSIS, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 7.3 / 詳細: Wolodko, W.T., (1984) J. Biol. Chem., 259, 5316. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.935 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月18日 |
放射 | モノクロメーター: cylindrically-bent silicon crystal, cylindrically bent rhodium-coated silicon mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 68244 / Num. obs: 68244 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 73.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 156588 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 73.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 2SCU 解像度: 2.35→19.64 Å 交差検証法: Throughout. Started with 10% of the data, reduced this to just over 1000 reflections near the end of the refinement. σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 25.4336 Å2 / ksol: 0.35056 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.027
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 67088 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.269 / % reflection Rfree: 1 % / Rfactor Rwork: 0.269 |