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- PDB-1jil: Crystal structure of S. aureus TyrRS in complex with SB284485 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jil
タイトルCrystal structure of S. aureus TyrRS in complex with SB284485
要素tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / tyrosyl-trna synthetase / staphylococcus aureus / truncation / structure based inhibitor design
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 1 / Tyrosine--tRNA ligase SYY-like C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site ...: / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 1 / Tyrosine--tRNA ligase SYY-like C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-485 / : / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Qiu, X. / Janson, C.A. / Smith, W.W. / Jarvest, R.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of Staphylococcus aureus tyrosyl-tRNA synthetase in complex with a class of potent and specific inhibitors.
著者: Qiu, X. / Janson, C.A. / Smith, W.W. / Green, S.M. / McDevitt, P. / Johanson, K. / Carter, P. / Hibbs, M. / Lewis, C. / Chalker, A. / Fosberry, A. / Lalonde, J. / Berge, J. / Brown, P. / ...著者: Qiu, X. / Janson, C.A. / Smith, W.W. / Green, S.M. / McDevitt, P. / Johanson, K. / Carter, P. / Hibbs, M. / Lewis, C. / Chalker, A. / Fosberry, A. / Lalonde, J. / Berge, J. / Brown, P. / Houge-Frydrych, C.S. / Jarvest, R.L.
履歴
登録2001年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0402
ポリマ－47,6551
非ポリマー3841
水3,423190
1
A: tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子

A: tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0804
ポリマ－95,3112
非ポリマー7692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-y+1/2,z1
2
A: tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子

A: tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0804
ポリマ－95,3112
非ポリマー7692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556-x+1/2,y,-z+11
Buried area4720 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.0, 102.9, 139.8
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number24
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-546-

HOH

21A-555-

HOH

31A-590-

HOH

41A-591-

HOH

51A-611-

HOH

詳細the biological assembly is a dimer generated from the monomer in ASU and the operation -x+1, 1/2-y, z

-
要素

#1: タンパク質 tyrosyl-tRNA synthetase / E.C.6.1.1.1 / TYROSINE--TRNA LIGASE / TYRRS / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase


分子量: 47655.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Variant: aureus N315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 13701524, UniProt: A6QHR2*PLUS, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-485 / [2-AMINO-3-(4-HYDROXY-PHENYL)-PROPIONYLAMINO]- (3,4,5-TRIHYDROXY-6-METHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YL)- ACETIC ACID / SB-284485 / L-Tyr-[(2R)-2-[(2S)-3α,4β,5β-トリヒドロキシ-6β-メチルテトラヒドロ-2H-ピラン-2β(以下略)


分子量: 384.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N2O8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: PEG 1000, CaCl2, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
212-15 MPEG10001reservoir
30.15 M1reservoirCaCl2
40.2 Mimidazole1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45 Å / Num. obs: 23968 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 838 / % possible all: 69
反射
*PLUS
最低解像度: 45 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 83183
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1JIK

1jik


解像度: 2.2→45 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1150 5 %random
Rwork0.183 ---
obs-23342 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2573 0 27 190 2790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 45 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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