+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jie | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of bleomycin-binding protein from bleomycin-producing Streptomyces verticillus complexed with metal-free bleomycin | ||||||
要素 | bleomycin-binding protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / protein-ligand complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces verticillus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sugiyama, M. / Kumagai, T. / Hayashida, M. / Maruyama, M. / Matoba, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: The 1.6-A crystal structure of the copper(II)-bound bleomycin complexed with the bleomycin-binding protein from bleomycin-producing Streptomyces verticillus. 著者: Sugiyama, M. / Kumagai, T. / Hayashida, M. / Maruyama, M. / Matoba, Y. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The 1.5 A crystal structure of a bleomycin resistance determinant from bleomycin-producing Streptomyces verticillus 著者: Kawano, Y. / Kumagai, T. / Muta, K. / Matoba, Y. / Davies, J. / Sugiyama, M. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Crystal structures of the transposon Tn5-carried bleomycin resistance determinant uncomplexed and complexed with bleomycin 著者: Maruyama, M. / Kumagai, T. / Matoba, Y. / Hayashida, M. / Fujii, T. / Hata, Y. / Sugiyama, M. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of bleomycin-binding protein from bleomycin-producing Streptomyces verticillus 著者: Kumagai, T. / Muta, K. / Matoba, Y. / Kawano, Y. / Kamiya, N. / Davies, J. / Sugiyama, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jie.cif.gz | 70 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1jie.ent.gz | 50.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jie.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jie_validation.pdf.gz | 544.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1jie_full_validation.pdf.gz | 558.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jie_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jie_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/1jie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/1jie | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a homodimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13243.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces verticillus (バクテリア) 遺伝子: blmA / プラスミド: pKKtrp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q53793 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG4000, ammonium acetate, sodium cacodylate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 19023 / % possible obs: 80.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.48 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.169 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 55.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55.1 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1QTO 解像度: 1.8→10 Å / Num. parameters: 8949 / Num. restraintsaints: 8738 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2199 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.161 / Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|