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- PDB-1qto: 1.5 A CRYSTAL STRUCTURE OF A BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qto
タイトル1.5 A CRYSTAL STRUCTURE OF A BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT FROM BLEOMYCIN-PRODUCING STREPTOMYCES VERTICILLUS
要素BLEOMYCIN-BINDING PROTEIN
キーワードANTIBIOTIC INHIBITOR / ARM-EXCHANGE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Bleomycin resistance protein / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bleomycin resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces verticillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kawano, Y. / Kumagai, T. / Muta, K. / Matoba, Y. / Davies, J. / Sugiyama, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The 1.5 A crystal structure of a bleomycin resistance determinant from bleomycin-producing Streptomyces verticillus.
著者: Kawano, Y. / Kumagai, T. / Muta, K. / Matoba, Y. / Davies, J. / Sugiyama, M.
#1: ジャーナル: Gene / 年: 1994
タイトル: Characterisation by molecular cloning of two genes from Streptomyces verticillus encoding resistance to bleomycin
著者: Sugiyama, M. / Thompson, C.J. / Kumagai, T. / Suzuki, K. / Deblaere, R. / Villarroel, R. / Davies, J.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Overproduction of the bleomycin-binding proteins from bleomycin-producing Streptomyces verticillus and a methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Escherichia coli and their ...タイトル: Overproduction of the bleomycin-binding proteins from bleomycin-producing Streptomyces verticillus and a methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Escherichia coli and their immunological characterisation
著者: Sugiyama, M. / Kumagai, T. / Matsuo, H. / Bhuiyan, M.Z.A. / Ueda, K. / Mochizuki, H. / Nakamura, N. / Davies, J.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of bleomycin-binding protein from bleomycin-producing Streptomyces verticillus
著者: Kumagai, T. / Muta, K. / Matoba, Y. / Kawano, Y. / Kamiya, N. / Davies, J. / Sugiyama, M.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Characterization of the bleomycin resistance determinant encoded on the transposon Tn5
著者: Kumagai, T. / Nakano, T. / Maruyama, M. / Mochizuki, H. / Sugiyama, M.
#5: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Mutation of the N-terminal proline 9 of BLMA from Streptomyces verticillus abolishes the binding affinity for bleomycin
著者: Kumagai, T. / Hibino, R. / Kawano, Y. / Sugiyama, M.
履歴
登録1999年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BLEOMYCIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2441
ポリマ－13,2441
非ポリマー00
水1,63991
1
A: BLEOMYCIN-BINDING PROTEIN

A: BLEOMYCIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4872
ポリマ－26,4872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.94, 67.88, 35.61
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-209-

HOH

21A-226-

HOH

詳細The biological assembly is a homodimer.

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要素

#1: タンパク質 BLEOMYCIN-BINDING PROTEIN


分子量: 13243.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces verticillus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53793
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: NH4-acetate, Na-acetate, PEG4000, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
20.2 Mammonium acetate1reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoir
430 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンPhoton Factory BL-6B11
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A21
検出器
タイプID検出器日付
WEISSENBERG1DIFFRACTOMETER1996年5月8日
WEISSENBERG2DIFFRACTOMETER1996年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→67.42 Å / Num. all: 75281 / Num. obs: 74090 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 16.24 / Observed criterion σ(I): 263.62 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 7.95
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Num. unique all: 2671 / % possible all: 85.7
反射
*PLUS
Num. obs: 19723 / Num. measured all: 74090
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
X-PLOR3.851精密化
WEISデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / SU B: 18.1 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR 3.851
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 2021 9.8 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all-20570 --
obs-20570 93.9 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数934 0 0 91 1025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.052.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 178 9.7 %
Rwork0.283 1651 -
obs--84.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: tophcsdx.pro
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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