+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ji4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NAP protein from helicobacter pylori | ||||||
要素 | NEUTROPHIL-ACTIVATING PROTEIN A | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / dodecamer / four-helix bundle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / : / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Zanotti, G. / Papinutto, E. / Dundon, W.G. / Battistutta, R. / Seveso, M. / Del Giudice, G. / Rappuoli, R. / Montecucco, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Structure of the Neutrophil-activating Protein from Helicobacter pylori 著者: Zanotti, G. / Papinutto, E. / Dundon, W.G. / Battistutta, R. / Seveso, M. / Del Giudice, G. / Rappuoli, R. / Montecucco, C. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: The Crystal Structure of Dps, a Ferritin Homolog that Binds and Protects DNA 著者: Grant, R.A. / Filman, D.J. / Finkel, S.E. / Kolter, R. / Hogle, J.M. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: The Dodecameric Ferritin from Listeria innocua Contains a Novel Intersubunit Iron Binding Site 著者: Ilari, A. / Stefanini, S. / Chiancone, E. / Tsernoglou, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ji4.cif.gz | 365.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ji4.ent.gz | 300.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ji4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ji4_validation.pdf.gz | 553.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ji4_full_validation.pdf.gz | 627.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ji4_validation.xml.gz | 77.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ji4_validation.cif.gz | 86.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/1ji4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/1ji4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1qghS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16960.396 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: NAPA / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P43313 #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-UNX / #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium acetate, citrate buffer, MPD, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.3 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月12日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 71729 / Num. obs: 71729 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 9698 / % possible all: 90.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.52 Å / % possible obs: 90.9 % / Num. unique obs: 9698 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QGH 解像度: 2.52→20.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1727967.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber 詳細: Only one monomer was treated independently and all the others were generated from the transformation matrices according to the Strict-ncs of CNS.
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.12 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.52→20.81 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.224 / Rfactor Rwork: 0.215 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.278 |