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- PDB-1ji1: Crystal Structure Analysis of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ji1
タイトルCrystal Structure Analysis of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-Amylase 1
要素ALPHA-AMYLASE I
キーワードHYDROLASE / BETA/ALPHA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


neopullulanase / neopullulanase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal Ig-like domain / Alpha amylase, N-terminal ig-like domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily ...Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal Ig-like domain / Alpha amylase, N-terminal ig-like domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kamitori, S. / Abe, A. / Ohtaki, A. / Kaji, A. / Tonozuka, T. / Sakano, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures and structural comparison of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 1 (TVAI) at 1.6 A resolution and alpha-amylase 2 (TVAII) at 2.3 A resolution.
著者: Kamitori, S. / Abe, A. / Ohtaki, A. / Kaji, A. / Tonozuka, T. / Sakano, Y.
履歴
登録2001年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Other
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-AMYLASE I
B: ALPHA-AMYLASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4618
ポリマ－142,2212
非ポリマー2406
水26,5541474
1
A: ALPHA-AMYLASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2314
ポリマ－71,1101
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ALPHA-AMYLASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2314
ポリマ－71,1101
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.570, 50.840, 107.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-AMYLASE I


分子量: 71110.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)
株: R-47 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60053, alpha-amylase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG1000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: Kondo, S., (2000) Protein Pept. Letters, 7, 197., Kamitori, S., (1995) J. Struct. Biol., 114, 229.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20.46 Å / Num. all: 152851 / Num. obs: 152851 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 391238 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 5.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.6→20.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2904638.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 15156 9.9 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs-152851 89.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.55 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å2-0.27 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----2.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10076 0 6 1474 11556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.771.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.92.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 2126 9.9 %
Rwork0.228 19261 -
obs--75.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.182 / Rfactor Rfree: 0.206 / Rfactor Rwork: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.7 Å / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.228 / Rfactor obs: 0.228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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