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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jhz | ||||||
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タイトル | Purine Repressor Mutant Corepressor Binding Domain Structure | ||||||
要素 | PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / corepressor binding domain / purine repressor / allosteric regulation / DNA-binding protein / purine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanine binding / negative regulation of purine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Huffman, J.L. / Lu, F. / Zalkin, H. / Brennan, R.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Role of residue 147 in the gene regulatory function of the Escherichia coli purine repressor. 著者: Huffman, J.L. / Lu, F. / Zalkin, H. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jhz.cif.gz | 122.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jhz.ent.gz | 95.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jhz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/1jhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/1jhz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly of the PurR corepressor binding domain is a homodimer, which is contained within the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32451.217 Da / 分子数: 2 断片: COREPRESSOR-FREE COREPRESSOR BINDING DOMAIN (Residues 53-341) 変異: W147F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: purr / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 LAMBDA DE3 / 参照: UniProt: P0ACP7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: PEG 600, magnesium chloride, Tris HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月15日 |
放射 | モノクロメーター: HORIZONTAL FOCUS Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.4 Å / Num. all: 20934 / Num. obs: 20934 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 6.64 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1562 / % possible all: 93.5 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.45 Å / % possible obs: 93.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DBQ 解像度: 2.4→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 2.662 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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