+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jh6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Semi-reduced Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase from Arabidopsis thaliana | ||||||
![]() | cyclic phosphodiesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / ADP-ribose 1'' / 2''-cyclic phosphate / RNA processing / 2' / 3'-cyclic nucleotide phosphodiesterase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cyclic nucleotide metabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hofmann, A. / Grella, M. / Botos, I. / Filipowicz, W. / Wlodawer, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the semireduced and inhibitor-bound forms of cyclic nucleotide phosphodiesterase from Arabidopsis thaliana. 著者: Hofmann, A. / Grella, M. / Botos, I. / Filipowicz, W. / Wlodawer, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 69.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 455.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21510.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET11d+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O04147, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.9 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: (NH4)2SO4, NaOAc, DTT, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→32 Å / Num. all: 29387 / Num. obs: 29387 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / % possible all: 95.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 32 Å / Num. measured all: 306271 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.7 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: oxidised CPDase (A. thaliana) [delta 90-115] 解像度: 1.8→32.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 68699.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.04 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.43 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 32 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.295 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.288 |