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- PDB-1jge: HLA-B*2705 bound to nona-peptide m9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jge
タイトルHLA-B*2705 bound to nona-peptide m9
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, B-27 B*2705 ALPHA CHAIN
  • peptide m9
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC (Major Histocompatibility Complex) / HLA (Human Leukocyte Antigen)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / secretory granule membrane ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hulsmeyer, M. / Hillig, R.C. / Volz, A. / Ruhl, M. / Schroder, W. / Saenger, W. / Ziegler, A. / Uchanska-Ziegler, B.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: HLA-B27 subtypes differentially associated with disease exhibit subtle structural alterations
著者: Hulsmeyer, M. / Hillig, R.C. / Volz, A. / Ruhl, M. / Schroder, W. / Saenger, W. / Ziegler, A. / Uchanska-Ziegler, B.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: The Structure of HLA-B27 Reveals Nonamer Self-peptides Bound in an Extended Conformation
著者: Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1992
タイトル: The Three-dimensional Structure of HLA-B27 at 2.1 A Resolution Suggests a General Mechanism for Tight Peptide Binding to MHC
著者: Madden, D.R. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
履歴
登録2001年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, B-27 B*2705 ALPHA CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: peptide m9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7143
ポリマ－44,7143
非ポリマー00
水8,323462
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.3, 83.2, 110.4
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a heterotrimeric complex consisting of one HLA-B*2705 (heavy) chain, one beta-2-microglobulin (light) chain and one nonameric model peptide m9.

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要素

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, B-27 B*2705 ALPHA CHAIN


分子量: 31928.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B or HLAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03989, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド peptide m9


分子量: 906.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was chemically synthesized.
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, Tris-HCl, NaCl; PEG 400 as cryo protectant, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used streak-seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH7.5
3150 mM1dropNaCl
428 %PEG80001reservoir
5100 mMTris1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→19.7 Å / Num. all: 26918 / Num. obs: 26918 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 50.4
反射
*PLUS
Num. obs: 26964 / % possible obs: 91.3 %
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.14 Å / % possible obs: 67.1 % / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 1931 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 7.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1hsa

1hsa


解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1369 5.1 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
all0.1945 26887 --
obs0.1945 26887 91.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2---1.5 Å20 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3185 0 0 462 3647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.021
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.7661.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.2822
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2633
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.5074.5
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1-2.150.28630.22X-RAY DIFFRACTION121159.81
2.15-2.210.3780.21X-RAY DIFFRACTION164984.08
2.21-2.280.26910.2X-RAY DIFFRACTION162584.37
2.28-2.350.25920.2X-RAY DIFFRACTION159886.09
2.35-2.430.26940.2X-RAY DIFFRACTION156286.48
2.43-2.520.31850.2X-RAY DIFFRACTION154689.22
2.52-2.610.29850.2X-RAY DIFFRACTION155591.62
2.61-2.720.33700.2X-RAY DIFFRACTION153894.53
2.72-2.840.26960.2X-RAY DIFFRACTION154197.15
2.84-2.990.3720.19X-RAY DIFFRACTION148498.48
2.99-3.150.23880.19X-RAY DIFFRACTION143399.35
3.15-3.350.27700.2X-RAY DIFFRACTION133798.81
3.35-3.580.23630.19X-RAY DIFFRACTION129699.41
3.58-3.890.27650.19X-RAY DIFFRACTION119399.6
3.89-4.30.2570.18X-RAY DIFFRACTION113399.25
4.3-4.820.19630.16X-RAY DIFFRACTION99699.53
4.82-5.680.19460.16X-RAY DIFFRACTION93399.69
5.68-7.010.29420.19X-RAY DIFFRACTION798100
7.07-11.180.23390.2X-RAY DIFFRACTION641100
11.18-19.70.2100.22X-RAY DIFFRACTION44998.92
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 19.7 Å / Num. reflection obs: 25518 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.4
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.15 Å / Rfactor Rfree: 0.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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