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万見
- PDB-1jfx: Crystal structure of the bacterial lysozyme from Streptomyces coe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jfx
タイトルCrystal structure of the bacterial lysozyme from Streptomyces coelicolor at 1.65 A resolution
要素1,4-beta-N-Acetylmuramidase M1
キーワードHYDROLASE / beta-alpha-barrel / Cellosyl / lysozyme / N-acetylmuramidase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate catabolic process / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 25, active site / Glycosyl hydrolases family 25 active site signature. / Glycoside hydrolase, family 25 subgroup / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 25, active site / Glycosyl hydrolases family 25 active site signature. / Glycoside hydrolase, family 25 subgroup / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Rau, A. / Hogg, T. / Marquardt, R. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: A new lysozyme fold. Crystal structure of the muramidase from Streptomyces coelicolor at 1.65 A resolution.
著者: Rau, A. / Hogg, T. / Marquardt, R. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2001年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE NO DATABASE REFERENCE SEQUENCE WAS IDENTIFIED FOR 1,4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE M1 OF ... SEQUENCE NO DATABASE REFERENCE SEQUENCE WAS IDENTIFIED FOR 1,4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE M1 OF STREPTOMYCES COELICOLOR. THE DATABASE REFERENCE LISTED IS FOR THE CORRESPONDING PROTEIN IN A CLOSELY RELATED SPECIES OF STREPTOMYCES BACTERIA, STREPTOMYCES GLOBISPORUS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-beta-N-Acetylmuramidase M1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9329
ポリマ－23,6481
非ポリマー2848
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.15, 38.22, 51.04
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 1,4-beta-N-Acetylmuramidase M1 / BETA-1 / 4-N / 6-O-DIACETYLMURAMIDASE


分子量: 23647.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: cel / 発現宿主: Streptomyces coelicolor (バクテリア) / 株 (発現宿主): HP1 / 参照: UniProt: P25310, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ammonium sulphate, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium phosphate1drop
3100 mM1dropNaCl
41.6 Mammonium sulfate1reservoir
510 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月28日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 24126 / Num. obs: 94866 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 92.3
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 24126 / Num. measured all: 94866

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.65→35.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1164171.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 1214 5 %RANDOM
Rwork0.152 ---
all-24126 --
obs-24126 97.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.28 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20.19 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----0.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→35.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1672 0 8 399 2079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.053
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.665
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 189 4.9 %
Rwork0.209 3682 -
obs-3682 94.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.152
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 11.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.236 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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