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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jer | ||||||
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タイトル | CUCUMBER STELLACYANIN, CU2+, PH 7.0 | ||||||
要素 | CUCUMBER STELLACYANIN | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / COPPER (銅) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / HYDROXYLATION (ヒドロキシル化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cucumis sativus (キュウリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Hart, P.J. / Nersissian, A.M. / Herrmann, R.G. / Nalbandyan, R.M. / Valentine, J.S. / Eisenberg, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: A missing link in cupredoxins: crystal structure of cucumber stellacyanin at 1.6 A resolution. 著者: Hart, P.J. / Nersissian, A.M. / Herrmann, R.G. / Nalbandyan, R.M. / Valentine, J.S. / Eisenberg, D. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Cloning, Expression, and Spectroscopic Characterization of Cucumis Sativus Stellacyanin in its Non-Glycosylated Form 著者: Nersissian, A.M. / Mehrabian, Z.B. / Nalbandyan, R.M. / Hart, P.J. / Fraczkiewicz, G. / Czernuszewicz, R.S. / Bender, C.J. / Peisach, J. / Herrmann, R.G. / Valentine, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jer.cif.gz | 33.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jer.ent.gz | 25.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jer.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/1jer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/1jer | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14889.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FROM CUCUMBER PEELINGS, GLUTAMINE AXIAL COPPER LIGAND 由来: (組換発現) Cucumis sativus (キュウリ) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P29602 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月3日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 18488 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 53.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 82930 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 53.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→50 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 65 - 70 HAVE HIGH THERMAL PARAMETERS, AND ARE THUS MODELED POORLY. THE POSITION OF THE MAIN CHAIN IS ROUGHLY CORRECT, BUT SIDE CHAIN DENSITY IS DIFFICULT TO INTERPRET. ALL OUTLIERS ...詳細: RESIDUES 65 - 70 HAVE HIGH THERMAL PARAMETERS, AND ARE THUS MODELED POORLY. THE POSITION OF THE MAIN CHAIN IS ROUGHLY CORRECT, BUT SIDE CHAIN DENSITY IS DIFFICULT TO INTERPRET. ALL OUTLIERS IN THE RAMACHANDRAN PLOT(3) COME FROM THIS REGION OF THE PROTEIN.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
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拘束条件 |
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