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- PDB-1jer: CUCUMBER STELLACYANIN, CU2+, PH 7.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jer
タイトルCUCUMBER STELLACYANIN, CU2+, PH 7.0
要素CUCUMBER STELLACYANIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / COPPER / GLYCOPROTEIN / HYDROXYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phytocyanin domain / Phytocyanin / Plastocyanin-like domain / Phytocyanin domain profile. / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Cucumber peeling cupredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Cucumis sativus (キュウリ)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hart, P.J. / Nersissian, A.M. / Herrmann, R.G. / Nalbandyan, R.M. / Valentine, J.S. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: A missing link in cupredoxins: crystal structure of cucumber stellacyanin at 1.6 A resolution.
著者: Hart, P.J. / Nersissian, A.M. / Herrmann, R.G. / Nalbandyan, R.M. / Valentine, J.S. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Cloning, Expression, and Spectroscopic Characterization of Cucumis Sativus Stellacyanin in its Non-Glycosylated Form
著者: Nersissian, A.M. / Mehrabian, Z.B. / Nalbandyan, R.M. / Hart, P.J. / Fraczkiewicz, G. / Czernuszewicz, R.S. / Bender, C.J. / Peisach, J. / Herrmann, R.G. / Valentine, J.S.
履歴
登録1996年8月21日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CUCUMBER STELLACYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9532
ポリマ－14,8901
非ポリマー641
水1,964109
1
A: CUCUMBER STELLACYANIN
ヘテロ分子

A: CUCUMBER STELLACYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9064
ポリマ－29,7792
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_766-x+2,-x+y+1,-z+4/31
単位格子
Length a, b, c (Å)59.180, 59.180, 74.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-139-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CUCUMBER STELLACYANIN / CUCUMBER PEELING CUPREDOXIN


分子量: 14889.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FROM CUCUMBER PEELINGS, GLUTAMINE AXIAL COPPER LIGAND
由来: (組換発現) Cucumis sativus (キュウリ) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P29602
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
129 mg/mlprotein1drop
27.1 mMacetate1drop
329 mMHEPES1drop
40.69 Mammonium sulfate1drop
5100 mMHEPES1reservoir
62.4 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月3日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 18488 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 53.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 82930
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 53.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-93モデル構築
SHELXL-93精密化
SHELXL-93位相決定
精密化解像度: 1.6→50 Å / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 65 - 70 HAVE HIGH THERMAL PARAMETERS, AND ARE THUS MODELED POORLY. THE POSITION OF THE MAIN CHAIN IS ROUGHLY CORRECT, BUT SIDE CHAIN DENSITY IS DIFFICULT TO INTERPRET. ALL OUTLIERS ...詳細: RESIDUES 65 - 70 HAVE HIGH THERMAL PARAMETERS, AND ARE THUS MODELED POORLY. THE POSITION OF THE MAIN CHAIN IS ROUGHLY CORRECT, BUT SIDE CHAIN DENSITY IS DIFFICULT TO INTERPRET. ALL OUTLIERS IN THE RAMACHANDRAN PLOT(3) COME FROM THIS REGION OF THE PROTEIN.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 --
all0.195 18488 -
obs0.193 -90.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数852 0 1 109 962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.5
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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