[日本語] English
万見
- PDB-1je8: Two-Component response regulator NarL/DNA Complex: DNA Bending Fo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1je8
タイトルTwo-Component response regulator NarL/DNA Complex: DNA Bending Found in a High Affinity Site
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
  • Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Protein-DNA complex / Two-Component response regulator / helix-turn-helix / DNA bending / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / phosphorelay signal transduction system / nitrate assimilation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nitrate/nitrite response regulator protein NarL / Nitrate/nitrite response regulator protein NarL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Maris, A.E. / Sawaya, M.R. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Jarvis, M.R. / Bearson, S.M.D. / Kopka, M.L. / Schroder, I. / Gunsalus, R.P. / Dickerson, R.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Dimerization allows DNA target site recognition by the NarL response regulator.
著者: Maris, A.E. / Sawaya, M.R. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Jarvis, M.R. / Bearson, S.M. / Kopka, M.L. / Schroder, I. / Gunsalus, R.P. / Dickerson, R.E.
履歴
登録2001年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
G: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
A: Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL
B: Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL
E: Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL
F: Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,61616
ポリマ－63,8488
非ポリマー7698
水5,945330
1
C: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
A: Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL
B: Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3088
ポリマ－31,9244
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
E: Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL
F: Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3088
ポリマ－31,9244
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.257, 52.741, 83.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 6133.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA was synthesized using solid phase phosphoramidite chemistry.
#2: タンパク質
Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL


分子量: 9827.909 Da / 分子数: 4 / Fragment: DNA Binding Domain (147-216) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pMJ05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P10957, UniProt: P0AF28*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2TRIS11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
13.5 mg/mlNarL1drop
21.3 mg/mlDNA1drop
30.04 M1dropKCl
40.1 %(v/v)glycerol1drop
50.1 mM1dropMgCl2
610 mMTris1droppH7.5
70.7 Mammonium sulfate1drop
81.7 Mammonium sulfate1reservoir
90.1 MTris1reservoirpH7.5
105 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.10002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月24日
詳細: Collimating mirror optics, double slit monochromator
放射モノクロメーター: SI 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.10002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→100 Å / Num. all: 69333 / Num. obs: 69333 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.13→2.18 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 3610 / Rsym value: 0.194 / % possible all: 73.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 100 Å / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.3 % / Rmerge(I) obs: 0.194

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
GLRF位相決定
CNS1精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DNA-Binding Domain of 1RNL bound to DNA

1rnl


解像度: 2.12→8.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Data collection, processing and initial refinement was in P1. Final refinement was in P21. The model used for MR was built from MAD phasing results from a similar crystal.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1797 5 %random
Rwork0.228 ---
all-36074 --
obs-36074 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 75.9 Å2 / ksol: 0.489 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.32 Å20 Å20 Å2
2---10.24 Å20 Å2
3---18.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→8.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2201 1628 40 330 4199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.058
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.276
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.564
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 264 4.9 %
Rwork0.314 5163 -
obs--87.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna_nodihe.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
精密化
*PLUS
最低解像度: 9 Å / Num. reflection obs: 34277 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.273 / Rfactor Rwork: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.04
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.324 / Rfactor Rwork: 0.314

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る