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- PDB-1je3: Solution Structure of EC005 from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1je3
タイトルSolution Structure of EC005 from Escherichia coli
要素HYPOTHETICAL 8.6 KDA PROTEIN IN AMYA-FLIE INTERGENIC REGION
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / mixed alpha-beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA damage response
類似検索 - 分子機能
: / TusA-like domain / Uncharacterized protein family UPF0033 signature. / TusA-like domain / Sulfurtransferase TusA / TusA-like domain superfamily / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative sulfur carrier protein YedF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yee, A. / Gutierrez, P. / Kozlov, G. / Denisov, A. / Gehring, K. / Arrowsmith, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: An NMR approach to structural proteomics.
著者: Yee, A. / Chang, X. / Pineda-Lucena, A. / Wu, B. / Semesi, A. / Le, B. / Ramelot, T. / Lee, G.M. / Bhattacharyya, S. / Gutierrez, P. / Denisov, A. / Lee, C.H. / Cort, J.R. / Kozlov, G. / ...著者: Yee, A. / Chang, X. / Pineda-Lucena, A. / Wu, B. / Semesi, A. / Le, B. / Ramelot, T. / Lee, G.M. / Bhattacharyya, S. / Gutierrez, P. / Denisov, A. / Lee, C.H. / Cort, J.R. / Kozlov, G. / Liao, J. / Finak, G. / Chen, L. / Wishart, D. / Lee, W. / McIntosh, L.P. / Gehring, K. / Kennedy, M.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2001年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL 8.6 KDA PROTEIN IN AMYA-FLIE INTERGENIC REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8181
ポリマ－10,8181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL 8.6 KDA PROTEIN IN AMYA-FLIE INTERGENIC REGION / EC005


分子量: 10818.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YEDF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: P0AA31

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1332D NOESY
1442D NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using standard triple-resonance NMR experiments.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM EC005 U-15N; 50mM phosphate buffer; 0.15 M NaCl; 1 mM DTT; 1 mM NaN3.90% H2O/10% D2O
22mM EC005 U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer; 0.15 M NaCl; 1 mM 2mM EC005 U-15N; 50mM phosphate buffer; 0.15 M NaCl; 1 mM DTT; 1 mM NaN3.DTT; 1 mM NaN3.100% D2O
32mM EC005 Unlabeled; 50mM phosphate buffer; 0.15 M NaCl; 1 mM DTT; 1 mM NaN3.90% H2O/10% D2O
42mM EC005 Unlabeled; 50mM phosphate buffer; 0.15 M NaCl; 1 mM DTT; 1 mM NaN3.100% D2O
試料状態イオン強度: 0.3 M / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1brukercollection
Gifa4.31Delsuc解析
XEASY1.3.13Wutrichデータ解析
CNS0.9Brunger精密化
ARIA0.9Nilges構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were based on 619 non-redundant NOE-derived distance constraints, 85 dihedral angle restraints and 32 hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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