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- PDB-1jdj: CRYSTAL STRUCTURE OF LEISHMANIA MEXICANA GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jdj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LEISHMANIA MEXICANA GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH 2-FLUORO-6-CHLOROPURINE
要素GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) activity / glycerol-3-phosphate catabolic process / : / glycosome / NAD binding / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature. / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature. / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-CHLORO-2-FLUOROPURINE / PENTADECANE / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)], glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Suresh, S. / Wisedchaisri, G. / Kennedy, K.J. / Verlinde, C.L.M.J. / Gelb, M.H. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002
タイトル: Anomalous differences of light elements in determining precise binding modes of ligands to glycerol-3-phosphate dehydrogenase.
著者: Choe, J. / Suresh, S. / Wisedchaisri, G. / Kennedy, K.J. / Gelb, M.H. / Hol, W.G.
履歴
登録2001年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7033
ポリマ－39,3181
非ポリマー3852
水2,882160
1
A: GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4066
ポリマ－78,6362
非ポリマー7704
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.3, 70.3, 210.9
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細biological dimer generated by crystallographic two-fold

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要素

#1: タンパク質 GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE


分子量: 39317.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P90551, glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-CFP / 6-CHLORO-2-FLUOROPURINE / 2-フルオロ-6-クロロ-9H-プリン


分子量: 172.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H2ClFN4
#3: 化合物 ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.9 M sodium citrate, 50 mM TEA pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
濃度: 0.8-0.9 M / 一般名: sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 27686 / Num. obs: 27686 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.08 % / Biso Wilson estimate: 28.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 2492 / Rsym value: 0.184 / % possible all: 91.6
反射
*PLUS
冗長度: 7.1 % / Num. measured all: 196124
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EVY

1evy


解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS / 詳細: CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1364 -RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.208 27686 --
obs0.208 27686 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2605 0 26 160 2791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.14
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 124 -
Rwork0.215 --
obs-2492 91.6 %
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Rfactor obs: 0.215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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