PDB-1jd9: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE MUTANT K300Q OF PSEUDOALTEROMON...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jd9

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE MUTANT K300Q OF PSEUDOALTEROMONAS HALOPLANCTIS ALPHA-AMYLASE

要素

ALPHA-AMYLASE

キーワード

HYDROLASE / ALPHA-BETA BARREL / GLYCOSYL HYDROLASE / ALLOSTERIC ACTIVATION

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Aghajari, N. / Haser, R.

引用

ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 2002
タイトル: Structural basis of alpha-amylase activation by chloride
著者: Aghajari, N. / Feller, G. / Gerday, C. / Haser, R.

履歴

登録	2001年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jd9.cif.gz	102.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jd9.ent.gz	77.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jd9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jd9_validation.pdf.gz	417.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jd9_full_validation.pdf.gz	423.4 KB	表示
XML形式データ	1jd9_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	1jd9_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/1jd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/1jd9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jd7C 1l0pC 1aqhS 1aqm 1b0i 1g94 1g9h S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1aqh-d 1g9h-d 1g94-d 1b0i-d 6sao-d 6c6b-1 3vla-d 1l0p-d 1kxh-d 2fr1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (9) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: ALPHA-AMYLASE

ヘテロ分子

49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.500, 138.400, 115.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1429- HOH

#1: タンパク質	ALPHA-AMYLASE 分子量: 49379.789 Da / 分子数: 1 / 変異: K300Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas haloplanktis (バクテリア) 株: A23 / 遺伝子: AMY / プラスミド: PAH12WT / 遺伝子 (発現宿主): HB101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29957, alpha-amylase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, Hepes, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 288 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月29日 / 詳細: collimator
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→43.03 Å / Num. all: 16759 / Num. obs: 16759 / % possible obs: 81.8 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 32.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.216 / Net I/σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.564 / Num. unique all: 1146 / % possible all: 39.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
X-PLOR		モデル構築
X-PLOR	3.843	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1AQH

1aqh

解像度: 2.5→42.7 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	1680	-	random
R_work	0.18	-	-	-
all	-	16727	-	-
obs	-	16727	82.4 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3443	0	1	190	3634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.267

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.53 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.364	23
R_work	0.335	-
obs	-	205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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