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- PDB-1jd1: Crystal Structure of YEO7_yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jd1
タイトルCrystal Structure of YEO7_yeast
要素HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION
キーワードTRANSLATION INHIBITOR / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminase activity / mitochondrial intermembrane space / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Deaconescu, A.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: X-ray structure of Saccharomyces cerevisiae homologous mitochondrial matrix factor 1 (Hmf1).
著者: Deaconescu, A.M. / Roll-Mecak, A. / Bonanno, J.B. / Gerchman, S.E. / Kycia, H. / Studier, F.W. / Burley, S.K.
履歴
登録2001年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION
B: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION
C: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION
D: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION
E: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION
F: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5136
ポリマ－83,5136
非ポリマー00
水11,422634
1
A: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION
B: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION
F: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7573
ポリマ－41,7573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13060 Å2
手法PISA
2
C: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION
D: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION
E: HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7573
ポリマ－41,7573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.180, 64.100, 80.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a trimer.

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要素

#1: タンパク質
HYPOTHETICAL 13.9 KDA PROTEIN IN FCY2-PET117 INTERGENIC REGION


分子量: 13918.897 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YERO57C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40037
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
2100 mM1dropNaCl
320 mMTris-Cl1drop
410 mMdithiothreitol1drop
51.9 Mammonium sulfate1reservoir
6100 mMsuccinate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98091, 0.99104
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980911
20.991041
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 86368 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 20.16 Å2 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 97.7
反射
*PLUS
Num. obs: 88185 / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 1452497 / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.333

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.238 -Random
Rwork0.207 --
all-165416 -
obs-156294 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5483 0 0 634 6117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 234 -
Rwork0.241 --
obs-2136 97.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.4
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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