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- PDB-1ja9: Crystal structure of 1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene reductase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ja9
タイトルCrystal structure of 1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene reductase in complex with NADPH and pyroquilon
要素1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-NADPH-active site inhibitor complex / short chain dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / PYROQUILON / Tetrahydroxynaphthalene reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Magnaporthe grisea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Liao, D.-I. / Thompson, J.E. / Fahnestock, S. / Valent, B. / Jordan, D.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: A structural account of substrate and inhibitor specificity differences between two naphthol reductases.
著者: Liao, D.I. / Thompson, J.E. / Fahnestock, S. / Valent, B. / Jordan, D.B.
履歴
登録2001年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5893
ポリマ－28,6711
非ポリマー9192
水3,927218
1
A: 1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene reductase
ヘテロ分子

A: 1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene reductase
ヘテロ分子

A: 1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene reductase
ヘテロ分子

A: 1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,35712
ポリマ－114,6834
非ポリマー3,6758
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area18520 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area32390 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.800, 94.800, 71.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene reductase / 4HNR


分子量: 28670.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe grisea (菌類) / 遺伝子: RICE BLAST FUNGUS / プラスミド: pFA168 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HFV6
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-PYQ / PYROQUILON / 1,2,5,6-TETRAHYDRO-4H-PYRROLO(3,2,1-IJ)QUINOLIN-4-ONE / ピロキロン


分子量: 173.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Li2SO4, HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.5 M1reservoirLi2SO4
20.1 MHEPES-NaOH1reservoir
320 mg/mlprotein1drop
410 mMNADPH1drop
52 mMpyroquilon1drop
650 mMTris-HCl1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.963 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.963 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 51109 / Num. obs: 487876 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 71.6
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 51109 / Num. measured all: 487876
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 71.6 % / Rmerge(I) obs: 0.381

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G0O with NADPH and pyroquilon removed from the model.

1g0o


解像度: 1.5→30 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 4911 -
Rwork0.189 --
all-50204 -
obs-49111 10 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1912 0 61 218 2191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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