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万見
- PDB-1j7m: The Third Fibronectin Type II Module from Human Matrix Metallopro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j7m
タイトルThe Third Fibronectin Type II Module from Human Matrix Metalloproteinase 2
要素MATRIX METALLOPROTEINASE 2
キーワードHYDROLASE / beta sheet / alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


gelatinase A / peripheral nervous system axon regeneration / blood vessel maturation / parturition / luteinization / bone trabecula formation / tissue remodeling / intramembranous ossification / cellular response to UV-A / ovulation from ovarian follicle ...gelatinase A / peripheral nervous system axon regeneration / blood vessel maturation / parturition / luteinization / bone trabecula formation / tissue remodeling / intramembranous ossification / cellular response to UV-A / ovulation from ovarian follicle / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / prostate gland epithelium morphogenesis / protein metabolic process / cellular response to fluid shear stress / negative regulation of cell adhesion / face morphogenesis / negative regulation of vasoconstriction / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / macrophage chemotaxis / response to amyloid-beta / fibronectin binding / Collagen degradation / collagen catabolic process / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / extracellular matrix disassembly / ephrin receptor signaling pathway / response to hyperoxia / cellular response to interleukin-1 / response to electrical stimulus / response to mechanical stimulus / response to retinoic acid / ovarian follicle development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / embryo implantation / Degradation of the extracellular matrix / sarcomere / extracellular matrix organization / response to activity / cellular response to estradiol stimulus / cellular response to amino acid stimulus / response to nicotine / protein catabolic process / response to hydrogen peroxide / metalloendopeptidase activity / cellular response to reactive oxygen species / response to estrogen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / metallopeptidase activity / heart development / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / serine-type endopeptidase activity / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibronectin, type II, collagen-binding / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. ...Fibronectin, type II, collagen-binding / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Kringle-like fold / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
72 kDa type IV collagenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Briknarova, K. / Gehrmann, M. / Banyai, L. / Tordai, H. / Patthy, L. / Llinas, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Gelatin-binding region of human matrix metalloproteinase-2: solution structure, dynamics, and function of the COL-23 two-domain construct.
著者: Briknarova, K. / Gehrmann, M. / Banyai, L. / Tordai, H. / Patthy, L. / Llinas, M.
履歴
登録2001年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATRIX METALLOPROTEINASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7521
ポリマ－7,7521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 50
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 MATRIX METALLOPROTEINASE 2 / 72 kDa type IV collagenase / gelatinase A


分子量: 7751.557 Da / 分子数: 1 / 断片: third fibronectin type II module / 変異: E11G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pmed23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08253, gelatinase A

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D COSY
1122D TOCSY
1132D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM col-3 NA; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5mM col-3 NA; D2OD2O
31mM col-3 U-15n; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2Bruker, Germanycollection
Felix95Molecular Simulations, Inc. San Diego, CA解析
Felix95Molecular Simulations, Inc San Diego, CAデータ解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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