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万見
- PDB-1j7h: Solution Structure of HI0719, a Hypothetical Protein From Haemoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j7h
タイトルSolution Structure of HI0719, a Hypothetical Protein From Haemophilus Influenzae
要素HYPOTHETICAL PROTEIN HI0719
キーワードUNKNOWN FUNCTION / alpha/beta fold / homotrimer / Structure 2 Function Project / S2F / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RutC family protein HI_0719
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Parsons, L. / Bonander, N. / Eisenstein, E. / Gilson, M. / Kairys, V. / Orban, J. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Solution Structure and Functional Ligand Screening of HI0719, a Highly Conserved Protein from Bacteria to Humans in the YjgF/YER057c/UK114 Family
著者: Parsons, L. / Bonander, N. / Eisenstein, E. / Gilson, M. / Kairys, V. / Orban, J.
履歴
登録2001年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0719
B: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0719
C: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0719


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1173
ポリマ－42,1173
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN HI0719


分子量: 14039.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: YJGF / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P44839

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1312D NOESY
141HNHA
1523D 13C-edited, 12C-filtered HMQC-NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1Sample 1: 1.5 mM HI0719 U-15N, 13C; 50 mM sodium phosphate buffer; 100 mM sodium chloride; 3 mM deuterated DTT; 90% H2O, 10% D2O, Sample 2: 3.0 mM HI0719, 50/50 mixture U-15N, 13C and unlabeled; 50 mM sodium phosphate buffer; 100 mM sodium chloride; 3 mM deuterated DTT, 100% D2O90% H2O/10% D2O
23.0 mM HI0719, 50/50 mixture U-15N, 13C and unlabeled; 50 mM sodium phosphate buffer; 100 mM sodium chloride; 3 mM deuterated DTT100% D2O
試料状態pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5collection
NMRPipe1.8F. Delaglio解析
NMRDraw1.8F. Delaglioデータ解析
CNS1A. Brunger構造決定
CNS1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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