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万見
- PDB-1j7a: STRUCTURE OF THE ANABAENA FERREDOXIN D68K MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j7a
タイトルSTRUCTURE OF THE ANABAENA FERREDOXIN D68K MUTANT
要素FERREDOXIN I
キーワードELECTRON TRANSPORT / iron-sulfur / ferredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hurley, J.K. / Weber-Main, A.M. / Stankovich, M.T. / Benning, M.M. / Thoden, J.B. / VanHooke, J.L. / Holden, H.M. / Chae, Y.K. / Xia, B. / Cheng, H. ...Hurley, J.K. / Weber-Main, A.M. / Stankovich, M.T. / Benning, M.M. / Thoden, J.B. / VanHooke, J.L. / Holden, H.M. / Chae, Y.K. / Xia, B. / Cheng, H. / Markley, J.L. / Martinez-Julvez, M. / Gomez-Moreno, C. / Schmeits, J.L. / Tollen, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structure-function relationships in Anabaena ferredoxin: correlations between X-ray crystal structures, reduction potentials, and rate constants of electron transfer to ferredoxin:NADP+ ...タイトル: Structure-function relationships in Anabaena ferredoxin: correlations between X-ray crystal structures, reduction potentials, and rate constants of electron transfer to ferredoxin:NADP+ reductase for site-specific ferredoxin mutants.
著者: Hurley, J.K. / Weber-Main, A.M. / Stankovich, M.T. / Benning, M.M. / Thoden, J.B. / Vanhooke, J.L. / Holden, H.M. / Chae, Y.K. / Xia, B. / Cheng, H. / Markley, J.L. / Martinez-Julvez, M. / ...著者: Hurley, J.K. / Weber-Main, A.M. / Stankovich, M.T. / Benning, M.M. / Thoden, J.B. / Vanhooke, J.L. / Holden, H.M. / Chae, Y.K. / Xia, B. / Cheng, H. / Markley, J.L. / Martinez-Julvez, M. / Gomez-Moreno, C. / Schmeits, J.L. / Tollin, G.
履歴
登録2001年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2001年5月23日ID: 1QOC
改定 1.02001年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8962
ポリマ－10,7201
非ポリマー1761
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.300, 38.300, 136.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN I


分子量: 10719.717 Da / 分子数: 1 / 変異: D68K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC (バクテリア) / 株: 7120 / プラスミド: PAN622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0A3C7
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, potassium succinate, 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.6 Mammonium sulfate1reservoir
250 mMpotassium succinate1reservoir
31 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年12月12日 / 詳細: supper mirrors
放射モノクロメーター: supper mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 10479 / Num. obs: 10479 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 86
反射
*PLUS
% possible obs: 89 % / Num. measured all: 28370

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
FRAMBOデータ収集
XDSデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
Rwork0.174 -
all-10471
obs-10471
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数751 0 4 100 855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.34
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.174 / Rfactor Rwork: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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