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- PDB-1j79: Molecular Structure of Dihydroorotase: A Paradigm for Catalysis T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j79
タイトルMolecular Structure of Dihydroorotase: A Paradigm for Catalysis Through the Use of a Binuclear Metal Center
要素dihydroorotase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / metalloenzyme / pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotase homodimeric type / Dihydroorotase signature 1. / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Amidohydrolase family / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-CARBAMOYL-L-ASPARTATE / OROTIC ACID / Dihydroorotase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Phillips Jr., G.N. / Neal, T.M. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Molecular structure of dihydroorotase: a paradigm for catalysis through the use of a binuclear metal center.
著者: Thoden, J.B. / Phillips Jr., G.N. / Neal, T.M. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
履歴
登録2001年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Based on analysis of electron density, G69 has been modeled as a proline, I119 has been ...SEQUENCE Based on analysis of electron density, G69 has been modeled as a proline, I119 has been modeled as a valine, and N243 has been modeled as a glutamine. K102 is carboxylated.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dihydroorotase
B: dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4209
ポリマ－77,6502
非ポリマー7707
水13,169731
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.600, 78.800, 180.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer composed of chains A & B which as deposited represent the actual dimer

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要素

#1: タンパク質 dihydroorotase / dhoase


分子量: 38825.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PYRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05020, dihydroorotase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-NCD / N-CARBAMOYL-L-ASPARTATE / N-カルバモイル-L-アスパラギン酸


分子量: 176.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8N2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: macroseeding / batch / pH: 6
詳細: PEG 3400, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), potassium chloride, magnesium chloride, N-carbamoyl-DL-aspartate, pH 6.0, macroseeding / batch, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: batch method / 詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein11
210 mMHEPES11
3180 mM11KCl
410 mMN-carbamoyl-D,L-aspartate11
55 mMdithiothreitol11
66-9 %PEG340012
7100 mMMES12
875 mM12MgCl2
9150 mM12KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.14020, 1.14050, 1.09045, 1.03320
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月7日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.14021
21.14051
31.090451
41.03321
反射解像度: 1.5→99 Å / Num. all: 114211 / Num. obs: 114211 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 41.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 10107 / % possible all: 87.5
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.5 % / Num. unique obs: 10107

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
TNT精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Residue 317 of chain A has no density after the CB.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 7904 10 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.193 79036 --
obs0.193 79036 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5442 0 39 731 6212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.15
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.15
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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