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万見
- PDB-1j77: Crystal Structure of Gram-negative Bacterial Heme Oxygenase Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j77
タイトルCrystal Structure of Gram-negative Bacterial Heme Oxygenase Complexed with Heme
要素HemO
キーワードOXIDOREDUCTASE / proximal histidine / distal helix
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HemO
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schuller, D.J. / Zhu, W. / Stojiljkovic, I. / Wilks, A. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of heme oxygenase from the gram-negative pathogen Neisseria meningitidis and a comparison with mammalian heme oxygenase-1.
著者: Schuller, D.J. / Zhu, W. / Stojiljkovic, I. / Wilks, A. / Poulos, T.L.
履歴
登録2001年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HemO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2262
ポリマ－23,6101
非ポリマー6161
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.167, 63.167, 100.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-515-

HOH

詳細the enzyme is a monomer

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要素

#1: タンパク質 HemO / heme oxygenase


分子量: 23609.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: hemO / プラスミド: pWMZ1651 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9RGD9, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, sodium acetate, Tris hydrochloride, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris-HCl1reservoir
20.2 Msodium acetate1reservoir
332.5 %PEG33501reservoir
432 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.5498, 1.7377, 1.7401, 1.9075
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月26日
詳細: Flat mirror(vertical) single crystal (Si311) bent monochromator (horizontal)
放射モノクロメーター: bent crystal Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54981
21.73771
31.74011
41.90751
反射解像度: 1.5→44.67 Å / Num. all: 31486 / Num. obs: 31486 / % possible obs: 0.946 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 23.743 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1381 / % possible all: 92.1
反射
*PLUS
% possible obs: 94.9 % / Num. measured all: 161249
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→53.45 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: REFMAC5 / 詳細: Maximum likelihood based on F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1605 5.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.2289 29881 --
obs0.2289 29881 94.61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.102 Å0.134 Å
Luzzati sigma a-0.097 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→53.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1588 0 48 244 1880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0171.437
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.5432.133
X-RAY DIFFRACTIONp_torsion1_d3.42.664
X-RAY DIFFRACTIONp_torsion3_d15.83.835
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: -0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 107 -
Rwork0.238 --
obs-2212 93 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.5432.133
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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