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万見
- PDB-1j6y: Solution structure of Pin1At from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j6y
タイトルSolution structure of Pin1At from Arabidopsis thaliana
要素peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / prolyl cis/trans isomerase / parvulin / PIN1 / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of flower development / gravitropism / plasmodesma / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / regulation of protein localization / regulation of cell cycle / endoplasmic reticulum ...regulation of flower development / gravitropism / plasmodesma / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / regulation of protein localization / regulation of cell cycle / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type, conserved site / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Landrieu, I. / Wieruszeski, J.M. / Wintjens, R. / Inze, D. / Lippens, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Solution Structure of the Single-domain Prolyl Cis/Trans Isomerase PIN1At from Arabidopsis thaliana
著者: Landrieu, I. / Wieruszeski, J.M. / Wintjens, R. / Inze, D. / Lippens, G.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2000
タイトル: Letter to the editor : sequence-specific 1H, 13C and 15N chemical shift backbone NMR assigment and secondary structure of the Arabidopsis thaliana PIN1At protein
著者: Landrieu, I. / Wieruszeski, J.M. / Odaert, B. / Inze, D. / Grzesiek, S. / Lippens, G.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The Arabidopsis thaliana PIN1At gene encodes a single-domain phosphorylation-dependent peptidyl prolyl cis/trans isomerase
著者: Landrieu, I. / De Veylder, L. / Fruchart, J.-S. / Odaert, B. / Casteels, P. / Portetelle, D. / Van Montagu, M. / Inze, D. / Lippens, G.
履歴
登録2001年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2091
ポリマ－15,2091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 15209.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9SL42

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1323D 15N-SEPARATED TOCSY
1423D HBHA(CO)NH
1533D CBCANH
1633D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM PIN1At 50 mM deuterated Tris-HCl pH6.3 100 mM NaCl 1 mM dithiothreitol 1mM phenylmethylsulfonyl fluoride 0.5 mM EDTA90% H2O/10% D2O
20.7 mM PIN1At U-15N50 mM deuterated Tris-HCl pH6.3 100 mM NaCl 1 mM dithiothreitol 1mM phenylmethylsulfonyl fluoride 0.5 mM EDTA90% H2O/10% D2O
30.7 mM PIN1At U-15N,13C 50 mM deuterated Tris-HCl pH6.3 100 mM NaCl 1 mM dithiothreitol 1mM phenylmethylsulfonyl fluoride 0.5 mM EDTA90% H2O/10% D2O
40.7 mM PIN1At U-13C 50 mM deuterated Tris-HCl pH6.3 100 mM NaCl 1 mM dithiothreitol 1mM phenylmethylsulfonyl fluoride 0.5 mM EDTA100% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER,A.T.構造決定
SNARF0.8.9VAN HOESEL, F.データ解析
X-PLOR3.851BRUNGER,A.T.精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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