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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j6s
タイトルCrystal Structure of an RNA Tetraplex (UGAGGU)4 with A-tetrads, G-tetrads, U-tetrads and G-U octads
要素5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
キーワードRNA / Tetraplex / G-U octads / A-tetrads / U-tetrads / G-tetrads
機能・相同性: / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Pan, B. / Xiong, Y. / Shi, K. / Deng, J. / Sundaralingam, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of an RNA purine-rich tetraplex containing adenine tetrads: implications for specific binding in RNA tetraplexes
著者: Pan, B. / Xiong, Y. / Shi, K. / Deng, J. / Sundaralingam, M.
履歴
登録2002年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
B: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
C: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
D: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,26320
ポリマ－7,9804
非ポリマー1,28316
水2,036113
1
A: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,26320
ポリマ－7,9804
非ポリマー1,28316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
2
B: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,26320
ポリマ－7,9804
非ポリマー1,28316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
3
C: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

C: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

C: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

C: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,35524
ポリマ－7,9804
非ポリマー1,37420
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
4
D: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

D: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

D: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

D: 5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,17116
ポリマ－7,9804
非ポリマー1,19112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.984, 37.984, 82.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-105-

BA

21A-108-

BA

31A-205-

NA

41A-206-

NA

51B-103-

BA

61B-104-

BA

71B-202-

NA

81B-207-

NA

91C-101-

BA

101C-201-

NA

111C-203-

NA

121C-209-

NA

131D-102-

BA

141D-107-

BA

151D-208-

NA

161A-387-

HOH

171D-320-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖
5'-R(*(BRUP*GP*AP*GP*GP*U)-3'


分子量: 1995.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.78 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11 mMRNA1drop
220 mMsodium cacodylate1droppH6.0
390 mM1dropNaCl
410 mM1dropBaCl2
56 mMspermine tetrahydrochloride1drop
62 %(v/v)MPD1drop
715 %MPD1reservoir

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 22622 / Num. obs: 22556
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / Num. obs: 22704 / % possible obs: 99.9 % / Num. measured all: 572671 / Rmerge(I) obs: 0.067

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1.1精密化
RESOLVE位相決定
精密化解像度: 1.4→30 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 1087 4.8 %
Rwork0.166 --
obs-22556 99.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 496 16 113 625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1ion.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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