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- PDB-6ge1: Solution structure of the r(UGGUGGU)4 RNA quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ge1
タイトルSolution structure of the r(UGGUGGU)4 RNA quadruplex
要素RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*GP*GP*U)-3')
キーワードRNA / quadruplex / tetramolecular / parallel stranded / U-tetrad
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics / simulated annealing
データ登録者Andralojc, W. / Gdaniec, Z.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
National Science CenterUMO-2014/13/B/ST5/04144 ポーランド
National Science CenterUMO-2013/08/A/ST5/00295 ポーランド
引用ジャーナル: RNA / 年: 2019
タイトル: Unraveling the structural basis for the exceptional stability of RNA G-quadruplexes capped by a uridine tetrad at the 3' terminus.
著者: Andralojc, W. / Malgowska, M. / Sarzynska, J. / Pasternak, K. / Szpotkowski, K. / Kierzek, R. / Gdaniec, Z.
履歴
登録2018年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*GP*GP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*GP*GP*U)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*GP*GP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*GP*GP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0174
ポリマ－9,0174
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3150 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area3750 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 400target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*GP*GP*U)-3')


分子量: 2254.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
321isotropic12D 1H-1H NOESY
232isotropic12D 1H-1H NOESY
242isotropic12D 1H-1H TOCSY
351isotropic12D 1H-13C HSQC
361isotropic12D 1H-31P COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12.0 mM pUGGUGGU, 10 mM phosphate buffer, 50 mM potassium chloride, 100% D2OUGG_KCl_D2O100% D2O
solution22.0 mM pUGGUGGU, 10 mM phosphate buffer, 0.05 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2OUGG_KCl_H2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mMpUGGUGGUnatural abundance1
10 mMphosphate buffernatural abundance1
50 mMpotassium chloridenatural abundance1
2.0 mMpUGGUGGUnatural abundance2
10 mMphosphate buffernatural abundance2
0.05 mMpotassium chloridenatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
10.06 M25C6.81 atm298 K
20.06 M5C6.81 atm278 K
30.06 M55C6.81 bar333 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化
手法ソフトェア番号
molecular dynamics1
simulated annealing2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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