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万見
- PDB-1j59: CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)/DNA COMPLEX + ADENOSINE-3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j59
タイトルCATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)/DNA COMPLEX + ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
要素
  • 5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*G )-3'
  • 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*C)-3'
  • CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)
キーワードGENE REGULATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / GENE-REGULATORY / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...: / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-binding transcriptional dual regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Parkinson, G. / Wilson, C. / Gunasekera, A. / Ebright, Y.W. / Ebright, R.H. / Berman, H.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Structure of the CAP-DNA complex at 2.5 angstroms resolution: a complete picture of the protein-DNA interface.
著者: Parkinson, G. / Wilson, C. / Gunasekera, A. / Ebright, Y.W. / Ebright, R.E. / Berman, H.M.
履歴
置き換え2002年3月1日ID: 1BER
登録2002年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*C)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*G )-3'
E: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*C)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*G )-3'
A: CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)
B: CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7538
ポリマ－66,0956
非ポリマー6582
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.990, 152.800, 76.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*C)-3'


分子量: 4353.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*G )-3'


分子量: 5152.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)


分子量: 23541.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACJ8
#4: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMMES-NaOH1reservoirpH6.5
2200 mM1reservoirNaCl
3100 mM1reservoirMgCl2
4100 mM1reservoirCaCl2
50.02 %(w/v)1reservoirNaN3
62 mMdithiothreitol1reservoir
72 mMspermine1reservoir
82 mMcAMP1reservoir
90.3 %(w/v)n-octyl-beta-D-glucopyranoside1reservoir
106.5 %(w/v)PEG33501reservoir
110.1-0.2 mMCAP1drop
12DNA1drop1.2-1.5fold molar excess

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 23876 / % possible obs: 85.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1147 / Net I/σ(I): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 84.9 % / Num. measured all: 165000

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 --
Rwork0.199 --
obs0.199 23644 86 %
原子変位パラメータBiso mean: 30.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 1262 42 286 4718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.27
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 27527
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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