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- PDB-1j51: CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME P450CAM MUTANT (F87W/Y96F/V247L/C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j51
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME P450CAM MUTANT (F87W/Y96F/V247L/C334A) WITH 1,3,5-TRICHLOROBENZENE
要素CYTOCHROME P450CAM
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450-CAM
機能・相同性
機能・相同性情報


camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / 1,3,5-TRICHLORO-BENZENE / Camphor 5-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chen, X. / Christopher, A. / Jones, J. / Guo, Q. / Xu, F. / Cao, R. / Wong, L.L. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the F87W/Y96F/V247L mutant of cytochrome P-450cam with 1,3,5-trichlorobenzene bound and further protein engineering for the oxidation of pentachlorobenzene and hexachlorobenzene
著者: Chen, X. / Christopher, A. / Jones, J.P. / Bell, S.G. / Guo, Q. / Xu, F. / Rao, Z. / Wong, L.L.
履歴
登録2002年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / refine
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _refine.ls_d_res_low
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450CAM
B: CYTOCHROME P450CAM
C: CYTOCHROME P450CAM
D: CYTOCHROME P450CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,54215
ポリマ－186,3764
非ポリマー3,16711
水7,728429
1
A: CYTOCHROME P450CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4314
ポリマ－46,5941
非ポリマー8373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME P450CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4314
ポリマ－46,5941
非ポリマー8373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CYTOCHROME P450CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4314
ポリマ－46,5941
非ポリマー8373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CYTOCHROME P450CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2493
ポリマ－46,5941
非ポリマー6562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.87, 62.44, 95.52
Angle α, β, γ (deg.)89.98, 90.30, 90.09
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
CYTOCHROME P450CAM / CAMPHOR 5-MONOOXYGENASE


分子量: 46593.879 Da / 分子数: 4 / 変異: F87W/Y96F/V247L/C334A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / プラスミド: PCHX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-TCZ / 1,3,5-TRICHLORO-BENZENE / 1,3,5-トリクロロベンゼン


分子量: 181.447 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H3Cl3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, sodium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMcacodylate1reservoirpH6.5
2200 mM1reservoirKCl
38 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 286421 / Num. obs: 285817 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Num. unique all: 7110 / % possible all: 90.1
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 74970 / % possible obs: 95.8 % / Num. measured all: 285817
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1精密化
CNS1位相決定
精密化解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 6257 2.2 %
Rwork0.186 --
all-286421 -
obs-285817 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12836 0 203 429 13468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.74
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.74
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 500 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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