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- PDB-1j3y: Direct observation of photolysis-induced tertiary structural chan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j3y
タイトルDirect observation of photolysis-induced tertiary structural changes in human hemoglobin; Crystal structure of alpha(Fe)-beta(Ni) hemoglobin (laser photolysed)
要素
  • Hemoglobin alpha Chain
  • Hemoglobin beta Chain
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Tertiary structure changes / Crystal photolysis / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / platelet aggregation / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BUT-2-ENEDIAL / CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II) / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Adachi, S. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H. / Shiro, Y. / Shibayama, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Direct observation of photolysis-induced tertiary structural changes in hemoglobin
著者: Adachi, S. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H. / Shiro, Y. / Shibayama, N.
履歴
登録2003年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin alpha Chain
B: Hemoglobin beta Chain
C: Hemoglobin alpha Chain
D: Hemoglobin beta Chain
E: Hemoglobin alpha Chain
F: Hemoglobin beta Chain
G: Hemoglobin alpha Chain
H: Hemoglobin beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,38622
ポリマ－124,1628
非ポリマー5,22314
水40,9302272
1
A: Hemoglobin alpha Chain
B: Hemoglobin beta Chain
C: Hemoglobin alpha Chain
D: Hemoglobin beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,69311
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,6127
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Hemoglobin alpha Chain
F: Hemoglobin beta Chain
G: Hemoglobin alpha Chain
H: Hemoglobin beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,69311
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,6127
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.494, 94.012, 100.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Hemoglobin alpha Chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin beta Chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

-
非ポリマー , 5種, 2286分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 化合物
ChemComp-HNI / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II)


分子量: 619.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4NiO4
#6: 化合物 ChemComp-2FU / BUT-2-ENEDIAL / 2-ブテンジア-ル


分子量: 84.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.6
詳細: PEG 4000, 50mM citrate-ammonium buffer, SMALL TUBES, temperature 293K, pH 6.60
結晶化
*PLUS
pH: 6.6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11-2 %(w/v)CO-saturated11
218 %(w/v)PEG335011
30.15 M11K2SO4
45 mMhomocysteine11
550 mMcitrate-ammonium11pH6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 25 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月20日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→20 Å / Num. obs: 153793 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 5.8 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.276 / % possible all: 51.8
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. measured all: 600432 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 51.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→19.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.895 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 7610 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.164 153793 90.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.165 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0.23 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8768 0 364 2272 11404
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0219426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4242.02712900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8751140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.25304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.21639
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6641.55720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2329140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14733706
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.334.53760
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.309 334
Rwork0.29 5760
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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