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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j3f | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of an Artificial Metalloprotein:Cr(III)(3,3'-Me2-salophen)/apo-A71G Myoglobin | ||||||
要素 | Myoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / myoglobin / asymmetric catalysis / crystal / Schiff bases / chromium / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Koshiyama, T. / Kono, M. / Ohashi, M. / Ueno, T. / Suzuki, A. / Yamane, T. / Watanabe, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005 タイトル: Coordinated Design of Cofactor and Active Site Structures in Development of New Protein Catalysts 著者: Ueno, T. / Koshiyama, T. / Ohashi, M. / Kondo, K. / Kono, M. / Suzuki, A. / Yamane, T. / Watanabe, Y. #1: ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structures of Artificial Metalloproteins: Tight Binding of Fe(III)(Schiff-Base) by Mutation of Ala71 to Gly in Apo-Myoglobin. 著者: Ueno, T. / Ohashi, M. / Kono, M. / Kondo, K. / Suzuki, A. / Yamane, T. / Watanabe, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j3f.cif.gz | 52.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j3f.ent.gz | 35.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j3f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1j3f_validation.pdf.gz | 787.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1j3f_full_validation.pdf.gz | 787.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1j3f_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1j3f_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/1j3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/1j3f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17352.123 Da / 分子数: 1 / 変異: A71G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) プラスミド: TB-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CR / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-CZM / ' | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.08 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: sodium, potassium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月31日 |
放射 | モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→40 Å / Num. all: 26654 / Num. obs: 26426 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0.5 / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 40.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / % possible all: 90 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1BVC 解像度: 1.45→30.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1798486.43 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.11 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→30.26 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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