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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j39 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of T4 phage BGT in complex with its UDP-glucose substrate | ||||||
![]() | DNA beta-glucosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / glycosyltransferase / GT-B / UDP-glucose | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA beta-glucosyltransferase / DNA beta-glucosyltransferase activity / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA modification / virus-mediated perturbation of host defense response 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lariviere, L. / Morera, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the T4 phage beta-glucosyltransferase and the D100A mutant in complex with UDP-glucose: glucose binding and identification of the catalytic base for a direct displacement mechanism. 著者: Lariviere, L. / Gueguen-Chaignon, V. / Morera, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 759.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 769.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40719.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: BGT / プラスミド: pBSK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-UPG / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→20 Å / Num. all: 34553 / Num. obs: 34069 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3391 / Rsym value: 0.239 / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 34078 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.3 % / Rmerge(I) obs: 0.239 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BGT 解像度: 1.87→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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