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- PDB-1j34: Crystal Structure of Mg(II)-and Ca(II)-bound Gla Domain of Factor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j34
タイトルCrystal Structure of Mg(II)-and Ca(II)-bound Gla Domain of Factor IX Complexed with Binding Protein
要素
  • (coagulation factor IX-binding protein ...) x 2
  • Coagulation factor IX
キーワードProtein binding/Blood clotting / MAGNESIUM ION / CALCIUM ION / GLA DOMAIN / Protein binding-Blood clotting COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor IXa / zymogen activation / blood coagulation / toxin activity / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / magnesium ion binding / proteolysis ...coagulation factor IXa / zymogen activation / blood coagulation / toxin activity / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / magnesium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. ...: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / C-type lectin fold / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Roll / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor IX / Snaclec coagulation factor IX/factor X-binding protein subunit A / Snaclec coagulation factor IX/factor X-binding protein subunit B / Snaclec coagulation factor IX-binding protein subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Trimeresurus flavoviridis (ハブ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Shikamoto, Y. / Morita, T. / Fujimoto, Z. / Mizuno, H.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Mg2+- and Ca2+-bound Gla Domain of Factor IX Complexed with Binding Protein
著者: Shikamoto, Y. / Morita, T. / Fujimoto, Z. / Mizuno, H.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of an anticoagulant protein in complex with the Gla domain of factor X
著者: Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Atoda, H. / Morita, T.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of coagulation factor IX-binding protein from habu snake venom at 2.6 A: implication of central loop swapping based on deletion in the linker region
著者: Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Koizumi, M. / Kano, H. / Atoda, H. / Morita, T.
履歴
登録2003年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: coagulation factor IX-binding protein A chain
B: coagulation factor IX-binding protein B chain
C: Coagulation factor IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,64113
ポリマ－35,2883
非ポリマー35310
水7,999444
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.552, 37.204, 62.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-663-

HOH

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要素

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Coagulation factor IX-binding protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 coagulation factor IX-binding protein A chain / COAGULATION FACTOR IX BINDING PROTEIN CHAIN A


分子量: 14655.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: P23806, UniProt: Q7LZ71*PLUS
#2: タンパク質 coagulation factor IX-binding protein B chain


分子量: 14455.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: P23807

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Coagulation factor IX


分子量: 6177.313 Da / 分子数: 1 / Fragment: GLA DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Secretion: plasma / 参照: UniProt: P00741, coagulation factor IXa

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非ポリマー , 3種, 454分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8
詳細: PEG 6000, Tris-HCl, calcium chloride, magnesium chloride, pH 8, MICROBATCH, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein11
230 mMTris-HCl12pH8.0
314 %PEG600012
45 mM12CaCl2
52 mM12MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.72 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.72 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→20 Å / Num. all: 39489 / Num. obs: 39489 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.209 / Num. unique all: 3302 / % possible all: 63.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IOD

1iod


解像度: 1.55→19.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 311750.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 3811 10 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.185 38082 90.1 %-
all-38082 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.1992 Å2 / ksol: 0.320999 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.85 Å20 Å23.39 Å2
2--2.24 Å20 Å2
3---3.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2480 0 10 444 2934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.892.5
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 447 10.4 %
Rwork0.274 3840 -
obs-3302 61.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.209 / Rfactor Rwork: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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