PDB-1j26: Solution structure of a putative peptidyl-tRNA hydrolase domain i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1j26

タイトル

Solution structure of a putative peptidyl-tRNA hydrolase domain in a mouse hypothetical protein

要素

immature colon carcinoma transcript 1

キーワード

TRANSLATION / peptide chain release factors / RF-1 / the GGQ motif / immature colon carcinoma transcript 1 / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial translation / rescue of stalled ribosome / mitochondrial inner membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics

データ登録者

Nameki, N. / Kigawa, T. / Koshiba, S. / Kobayashi, N. / Tochio, N. / Inoue, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the catalytic domain of the mitochondrial protein ICT1 that is essential for cell vitality
著者: Handa, Y. / Hikawa, Y. / Tochio, N. / Kogure, H. / Inoue, M. / Koshiba, S. / Guntert, P. / Inoue, Y. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / Nameki, N.

履歴

登録	2002年12月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

Remark 650

HELIX Determination method: author determined

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1j26.cif.gz	665.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1j26.ent.gz	554.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1j26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3i71-4 5l0y-3 2krt-d 4apo-2 5lsi-d 2f1w-d 5l0y-2 3hs2-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mma001000238.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: immature colon carcinoma transcript 1

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	immature colon carcinoma transcript 1 分子量: 12152.575 Da / 分子数: 1 / 断片: peptidyl-tRNA hydrolase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: NIA Mouse 15K cDNA Clone: H3024H01 / プラスミド: P020715-17 / 発現宿主: Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: Q8R035

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.7mM peptidyl-tRNA hydrolase domain U-15N, 13C; 20mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.704	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	構造決定
OPALp		Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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