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万見
- PDB-1j1j: Crystal Structure of human Translin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j1j
タイトルCrystal Structure of human Translin
要素Translin
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Testis/brain RNA binding protein / ssDNA binding protein / RNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


endoribonuclease complex / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / male germ cell nucleus / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mRNA binding ...endoribonuclease complex / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / male germ cell nucleus / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mRNA binding / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translin; domain 2 / Translin; domain 1 / Translin, N-terminal / Translin, C-terminal / Translin / Translin family / Translin superfamily / Translin family / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sugiura, I. / Sasaki, C. / Hasegawa, T. / Kohno, T. / Sugio, S. / Moriyama, H. / Kasai, M. / Matsuzaki, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of human translin at 2.2 A resolution.
著者: Sugiura, I. / Sasaki, C. / Hasegawa, T. / Kohno, T. / Sugio, S. / Moriyama, H. / Kasai, M. / Matsuzaki, T.
履歴
登録2002年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translin
B: Translin
C: Translin
D: Translin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5024
ポリマ－110,5024
非ポリマー00
水7,458414
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Translin

D: Translin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2512
ポリマ－55,2512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
3
A: Translin

C: Translin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2512
ポリマ－55,2512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
4
B: Translin

B: Translin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2512
ポリマ－55,2512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
5
A: Translin
B: Translin
C: Translin
D: Translin

A: Translin
B: Translin
C: Translin
D: Translin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,0048
ポリマ－221,0048
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.42, 135.27, 134.35
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Translin


分子量: 27625.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pQE9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: Q15631
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Sodium Formate, Sodium Chloride, Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH7.0
3150 mM1dropNaCl
45 %(v/v)glycerol1drop
52.5 Msodium formate1reservoir
6100 mMsodium acetate1reservoirpH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.836 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月5日
放射モノクロメーター: Si III CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.836 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 57661 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 8420 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 57689 / % possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.32 Å / % possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNX精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.265 2899 RANDOM
Rwork0.229 --
all0.231 57238 -
obs0.231 54339 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7080 0 0 414 7494
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.128
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_deg18.16
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_deg0.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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