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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j16 | ||||||
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タイトル | BENZAMIDINE IN COMPLEX WITH RAT TRYPSIN MUTANT X99/175/190RT | ||||||
![]() | Trypsin II, anionic | ||||||
![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEASE / SERINE PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / trypsin / Neutrophil degranulation / digestion / collagen catabolic process / response to nutrient / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding ...Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / trypsin / Neutrophil degranulation / digestion / collagen catabolic process / response to nutrient / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stubbs, M.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Reconstructing the Binding Site of Factor Xa in Trypsin Reveals Ligand-induced Structural Plasticity 著者: Reyda, S. / Sohn, C. / Klebe, G. / Rall, K. / Ullmann, D. / Jakubke, H.D. / Stubbs, M.T. #1: ![]() タイトル: pH-dependent binding modes observed in trypsin crystals: lessons for structure-based drug design 著者: Stubbs, M.T. / Reyda, S. / Dullweber, F. / Moeller, M. / Klebe, G. / Dorsch, D. / Mederski, W.W.K.R. / Wurziger, H. #2: ![]() タイトル: Structural and functional analyses of benzamidine-based inhibitors in complex with trypsin: implications for the inhibition of factor Xa, tPA, and urokinas 著者: Renatus, M. / Bode, W. / Huber, R. / Stuerzebecher, J. / Stubbs, M.T. #3: ![]() タイトル: Structural Aspects of Factor Xa Inhibition 著者: Stubbs, M.T. #4: ![]() タイトル: Crystal structures of factor Xa specific inhibitors in complex with trypsin: structural grounds for inhibition of factor Xa and selectivity against thrombin 著者: Stubbs, M.T. / Huber, R. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23836.756 Da / 分子数: 1 / 変異: K97E, L99Y, S190A, Y172S, P173S, G174F, K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-BEN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 % |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→18.18 Å / Num. obs: 40861 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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