PDB-1j0t: The solution structure of molt-inhibiting hormone from the kuruma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1j0t

タイトル

The solution structure of molt-inhibiting hormone from the kuruma prawn

要素

MOLT-INHIBITING HORMONE

キーワード

Hormone/growth factor / ALPHA-HELICAL PROTEIN / Hormone-growth factor COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

neuropeptide hormone activity / neuropeptide signaling pathway / circadian rhythm / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Marsupenaeus japonicus (クルマエビ)

手法

溶液NMR / distance geometry torsion angle dynamics

データ登録者

Katayama, H. / Nagata, K. / Ohira, T. / Yumoto, F. / Tanokura, M. / Nagasawa, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The solution structure of molt-inhibiting hormone from the Kuruma prawn Marsupenaeus japonicus
著者: Katayama, H. / Nagata, K. / Ohira, T. / Yumoto, F. / Tanokura, M. / Nagasawa, H.

履歴

登録	2002年11月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1j0t.cif.gz	253.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1j0t.ent.gz	208.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1j0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1j0t_validation.pdf.gz	342.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1j0t_full_validation.pdf.gz	461.8 KB	表示
XML形式データ	1j0t_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	1j0t_validation.cif.gz	45.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/1j0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/1j0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7klr-d 2lpw-d 2g9o-d 1wtf-1 4qqg-7 3n4z-1 7jh1-d 4qqg-4 4b8n-1 6log-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MOLT-INHIBITING HORMONE

9.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル	モデル #10	fewest violations

#1: タンパク質	MOLT-INHIBITING HORMONE / MIH 分子量: 9152.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marsupenaeus japonicus (クルマエビ) プラスミド: pET28a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P55847
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	2	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM MIH U-15N, 13C; 30% CD3CN; 10% D2O, 60% H2O	30% CD3CN; 10% D2O, 60% H2O
2	2mM MIH U-15N; 30% CD3CN; 10% D2O, 60% H2O	30% CD3CN; 10% D2O, 60% H2O

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software	名称: DYANA / バージョン: 1.4 / 開発者: Guentert / 分類: 精密化
精密化	手法: distance geometry torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: fewest violations
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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