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万見
- PDB-1j0r: Crystal structure of the replication termination protein mutant C110S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j0r
タイトルCrystal structure of the replication termination protein mutant C110S
要素replication termination protein
キーワードREPLICATION / winged-helix / DNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication termination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Replication terminator protein / Replication terminator protein / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication termination protein / Replication termination protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vivian, J.P. / Hastings, A.F. / Duggin, I.G. / Wake, R.G. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003
タイトル: The impact of single cysteine residue mutations on the replication terminator protein
著者: Vivian, J.P. / Hastings, A.F. / Duggin, I.G. / Wake, R.G. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.
履歴
登録2002年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: replication termination protein
B: replication termination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0622
ポリマ－29,0622
非ポリマー00
水1,04558
1
A: replication termination protein

A: replication termination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0622
ポリマ－29,0622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
2
B: replication termination protein

B: replication termination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0622
ポリマ－29,0622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3190 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.880, 50.940, 69.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 replication termination protein / Replication terminator protein


分子量: 14531.099 Da / 分子数: 2 / 変異: C110S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pET-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/pLysS / 参照: UniProt: P68732, UniProt: P0CI76*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 22% PEG 2000, 150mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium phosphate1droppH6.7
324 %PEG20001reservoir
4150 mMMES1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→69 Å / Num. all: 9541 / Num. obs: 9541 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.045
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rsym value: 0.471 / % possible all: 92.2
反射
*PLUS
% possible obs: 88 % / Num. measured all: 54110 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.66 Å / % possible obs: 92.2 % / Rmerge(I) obs: 0.471

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BM9

1bm9


解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.279 629 Random
Rwork0.233 --
all-8327 -
obs-8327 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1933 0 0 58 1991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0066
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.156
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 77 -
Rwork0.292 --
obs-1001 92.2 %
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.66 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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