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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j0c | ||||||
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タイトル | ACC deaminase mutated to catalytic residue | ||||||
![]() | 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase | ||||||
![]() | LYASE / PLP dependent B group | ||||||
機能・相同性 | ![]() amine catabolic process / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase activity / D-cysteine desulfhydrase activity / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ose, T. / Fujino, A. / Yao, M. / Honma, M. / Tanaka, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Reaction intermediate structures of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase: insight into PLP-dependent cyclopropane ring-opening reaction 著者: Ose, T. / Fujino, A. / Yao, M. / Watanabe, N. / Honma, M. / Tanaka, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 271.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 221.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 490.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37059.047 Da / 分子数: 4 / 変異: S1A, K51T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PLP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: ammmonium sulfate, pottasium phosphate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→38.3 Å / Num. all: 43190 / Num. obs: 43138 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 47.331 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 6182 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 38 Å / Num. measured all: 241451 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % / Num. unique obs: 6182 / Num. measured obs: 35018 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1F2D 解像度: 2.75→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 51.0438 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 8 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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