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万見
- PDB-1j0b: Crystal Structure Analysis of the ACC deaminase homologue complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j0b
タイトルCrystal Structure Analysis of the ACC deaminase homologue complexed with inhibitor
要素1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
キーワードLYASE / PLP dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase activity / D-cysteine desulfhydrase activity
類似検索 - 分子機能
D-cysteine desulfhydrase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase/D-cysteine desulfhydrase / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5PA / Putative 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Fujino, A. / Ose, T. / Honma, M. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural and enzymatic properties of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase homologue from Pyrococcus horikoshii
著者: Fujino, A. / Ose, T. / Yao, M. / Tokiwano, T. / Honma, M. / Watanabe, N. / Tanaka, I.
履歴
登録2002年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年8月13日Group: Structure summary
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
B: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
C: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
D: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
E: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
F: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
G: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
H: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
I: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
J: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
K: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
L: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
M: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
N: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
O: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
P: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
Q: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
R: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
S: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
T: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
U: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
V: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
W: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
X: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)853,56248
ポリマ－845,58824
非ポリマー7,97424
水14,484804
1
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
B: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22930 Å2
手法PISA
2
C: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
D: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22900 Å2
手法PISA
3
E: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
F: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
4
G: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
H: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23030 Å2
手法PISA
5
I: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
J: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23010 Å2
手法PISA
6
K: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
L: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
7
M: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
N: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23000 Å2
手法PISA
8
O: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
P: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23010 Å2
手法PISA
9
Q: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
R: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23050 Å2
手法PISA
10
S: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
T: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23160 Å2
手法PISA
11
U: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
V: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22950 Å2
手法PISA
12
W: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
X: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1304
ポリマ－70,4662
非ポリマー6642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.87, 147.28, 149.07
Angle α, β, γ (deg.)73.18, 90.11, 68.49
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 ...
1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / ACC / ACC deaminase


分子量: 35232.824 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O57809, EC: 4.1.99.4
#2: 化合物...
ChemComp-5PA / N-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-Y-LMETHYL]-1-AMINO-CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID / N-PYRIDOXYL-1-AMINO-CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 332.246 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N2O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, 2-propanol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMpotassium phosphate1droppH7.0
210 mg/mlprotein1drop
30.1 MACC1drop
40.1 MTris1drop
50.045 Mpotassium phosphate1droppH8.5
60.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5
710 %(w/v)2-propanol1reservoir
813-15 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 245565 / Num. obs: 244791 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 58.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 35772 / Rsym value: 0.276 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 39.1 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 244791
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 35772 / Num. measured obs: 87298

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.342 17821 -RANDOM
Rwork0.291 ---
all-214317 --
obs-214269 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.687 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.017 Å22.246 Å2-3.401 Å2
2--2.886 Å28.244 Å2
3----1.869 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.51 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.68 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数59616 0 528 804 60948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0191
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9624
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.168
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.79 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 1785 -
Rwork0.429 --
obs-21352 99.77 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.2918
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.973
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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