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- PDB-1j05: The crystal structure of anti-carcinoembryonic antigen monoclonal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j05
タイトルThe crystal structure of anti-carcinoembryonic antigen monoclonal antibody T84.66 Fv fragment
要素
  • anti-CEA mAb T84.66, heavy chain
  • anti-CEA mAb T84.66, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ig kappa chain V-III region PC 3741/TEPC 111 / Anti-myosin immunoglobulin heavy chain variable region
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kondo, H. / Nishimura, Y. / Shiroishi, M. / Asano, R. / Noro, N. / Tsumoto, K. / Kumagai, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of anti-carcinoembryonic antigen monoclonal antibody T84.66 Fv fragment
著者: Kondo, H. / Nishimura, Y. / Shiroishi, M. / Asano, R. / Noro, N. / Tsumoto, K. / Kumagai, I.
履歴
登録2002年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: anti-CEA mAb T84.66, light chain
H: anti-CEA mAb T84.66, heavy chain
A: anti-CEA mAb T84.66, light chain
B: anti-CEA mAb T84.66, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0688
ポリマ－50,6944
非ポリマー3744
水4,612256
1
L: anti-CEA mAb T84.66, light chain
H: anti-CEA mAb T84.66, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5344
ポリマ－25,3472
非ポリマー1872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10600 Å2
手法PISA
2
A: anti-CEA mAb T84.66, light chain
B: anti-CEA mAb T84.66, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5344
ポリマ－25,3472
非ポリマー1872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10410 Å2
手法PISA
3
A: anti-CEA mAb T84.66, light chain
B: anti-CEA mAb T84.66, heavy chain
ヘテロ分子

L: anti-CEA mAb T84.66, light chain
H: anti-CEA mAb T84.66, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0688
ポリマ－50,6944
非ポリマー3744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_647-x+1,y-1/2,-z+21
Buried area5150 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.774, 75.033, 63.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assemblies are formed between chain L and H and between A and B.

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要素

#1: 抗体 anti-CEA mAb T84.66, light chain / T84.66 antibody


分子量: 12113.562 Da / 分子数: 2 / 断片: Fv fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01660
#2: 抗体 anti-CEA mAb T84.66, heavy chain / T84.66 antibody


分子量: 13233.598 Da / 分子数: 2 / 断片: Fv fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JL85
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Na, K Phosphate, Na Hepes, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→23.25 Å / Num. all: 91647 / Num. obs: 91647 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 13262 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→5 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.217 8909 random
Rwork0.185 --
all0.19 91647 -
obs0.185 88978 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3562 0 22 256 3840

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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