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- PDB-1j00: E. coli Thioesterase I/Protease I/Lysophospholipase L1 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j00
タイトルE. coli Thioesterase I/Protease I/Lysophospholipase L1 in complexed with diethyl phosphono moiety
要素Thioesterase I
キーワードHYDROLASE / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / phospholipase B activity / : / arylesterase / lysophospholipase / palmitoyl-CoA hydrolase / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity ...: / : / : / : / phospholipase B activity / : / arylesterase / lysophospholipase / palmitoyl-CoA hydrolase / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / arylesterase activity / lipid metabolic process / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Lipase, GDSL, active site / Lipolytic enzymes "G-D-S-L" family, serine active site. / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / : / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioesterase 1/protease 1/lysophospholipase L1 / Thioesterase 1/protease 1/lysophospholipase L1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lo, Y.-C. / Shaw, J.-F. / Liaw, Y.-C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli Thioesterase I/Protease I/Lysophospholipase L1: Consensus Sequence Blocks Constitute the Catalytic Center of SGNH-hydrolases through a Conserved Hydrogen Bond Network
著者: Lo, Y.-C. / Lin, S.-C. / Shaw, J.-F. / Liaw, Y.-C.
履歴
登録2002年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7942
ポリマ－21,6981
非ポリマー961
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Thioesterase I
ヘテロ分子

A: Thioesterase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5874
ポリマ－43,3952
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area1320 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.907, 49.907, 171.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Thioesterase I / Acyl-CoA thioesterase I / Protease I / Lysophospholipase L1


分子量: 21697.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tesA/apeA/pldC / プラスミド: pET-20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P29679, UniProt: P0ADA1*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, lysophospholipase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2-[N-morpholino]ethanesulfonic acid, PEGMME5000, Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
124.5 mg/mlprotein11
210 mMsodium phosphate12pH7.0
325.5 %(w/w)PEG5000 MME12

-
データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL17B2 / 波長: 1.12714 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Si111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.27 Å / Num. all: 15230 / Num. obs: 14582 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Limit h max: 24 / Limit h min: 0 / Limit k max: 17 / Limit k min: 0 / Limit l max: 85 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1788436.9 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 15230 / % possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
XPRESSデータ削減
DIP2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JRL

1jrl


解像度: 2→27.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1486 10.2 %Random
Rwork0.239 ---
all-15517 --
obs-14582 94 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 43.3515 Å2 / ksol: 0.354238 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 120.88 Å2 / Biso mean: 51.1 Å2 / Biso min: 23.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.39 Å20 Å20 Å2
2--9.39 Å20 Å2
3----18.78 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.25 Å
Luzzati d res high-2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1416 0 5 91 1512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.85
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.861.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.182
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.292.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.130.3532168.70.3120450.0222495226190.6
2.13-2.290.3012389.40.28221350.0182545237393.2
2.29-2.520.3312489.80.26621640.0172538241295
2.52-2.880.31925910.10.2622290.0162558248897.3
2.88-3.630.2852579.90.24222620.0152609251996.6
3.63-27.270.2742689.60.22822610.0142788252990.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.07 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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