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万見
- PDB-1iyl: Crystal Structure of Candida albicans N-myristoyltransferase with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iyl
タイトルCrystal Structure of Candida albicans N-myristoyltransferase with Non-peptidic Inhibitor
要素Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R64 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Sogabe, S. / Fukami, T.A. / Morikami, K. / Shiratori, Y. / Aoki, Y. / D'Arcy, A. / Winkler, F.K. / Banner, D.W. / Ohtsuka, T.
引用ジャーナル: CHEM.BIOL. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structures of Candida albicans N-Myristoyltransferase with Two Distinct Inhibitors
著者: Sogabe, S. / Masubuchi, M. / Sakata, K. / Fukami, T.A. / Morikami, K. / Shiratori, Y. / Ebiike, H. / Kawasaki, K. / Aoki, Y. / Shimma, N. / D'Arcy, A. / Winkler, F.K. / Banner, D.W. / Ohtsuka, T.
履歴
登録2002年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
B: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
C: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
D: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,9007
ポリマ－181,6864
非ポリマー1,2133
水00
1
A: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8262
ポリマ－45,4221
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8262
ポリマ－45,4221
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8262
ポリマ－45,4221
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4221
ポリマ－45,4221
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
B: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6524
ポリマ－90,8432
非ポリマー8092
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area36080 Å2
手法PISA, PQS
6
C: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
D: Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2483
ポリマ－90,8432
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area36410 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.277, 96.885, 269.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Myristoyl-CoA:Protein N-Myristoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase


分子量: 45421.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / プラスミド: pKF19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P30418, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-R64 / (1-METHYL-1H-IMIDAZOL-2-YL)-(3-METHYL-4-{3-[(PYRIDIN-3-YLMETHYL)-AMINO]-PROPOXY}-BENZOFURAN-2-YL)-METHANONE / 3-メチル-4-[3-[(3-ピリジルメチル)アミノ]プロポキシ]-2-ベンゾフラニル1-メチル-1H-イミダゾ-ル-(以下略)


分子量: 404.462 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N4O3

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, lithium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
160 mg/mlprotein1drop
215-18 %(w/v)PEG33501reservoir
30.2 Mlithium sulfate1reservoir
450 mMHEPES1reservoirpH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年11月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 40711 / Num. obs: 40711 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4020 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNX2002精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IYK

1iyk


解像度: 3.2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: B-GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.366 2050 5 %RANDOM
Rwork0.284 ---
all0.288 40638 --
obs0.288 40638 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.4476 Å2 / ksol: 0.232096 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.65 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12507 0 90 0 12597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.232.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 201 5.1 %
Rwork0.327 3751 -
obs-3952 98.9 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.88
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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